包干制项目资金按照直接费用和间接费用的支出范围使用，在使用时，要科学合理归集所属预算科目，保证科学合理。
包干制项目经费使用要点的动画视频：https://video.nsfc.gov.cn/20250115/indexbgz.html
包干制项目资金由项目负责人自主决定使用，按照直接费用和间接费用的开支范围列支，无需履行调剂程序。
依托单位应当制定、修订项目资金包干制内部管理规定，管理规定应当包括资金管理使用要求、各方责任、违规惩戒措施等内容。依托单位首次获批科学基金包干制项目的，应于获批次年6月底前将包干制内部管理规定报自然科学基金委备案。依托单位包干制管理规定有修订的，应在规定印发当年年底前重新报自然科学基金委备案。对于不备案或者备案不及时的依托单位，自然科学基金委视情况将采取责令整改、纳入依托单位信誉评价档案等处理措施。
预算制项目直接费用管理相关问题的动画视频：https://video.nsfc.gov.cn/20250115/indexyszxm.html
依托单位在组织实施项目过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用。主要包括：依托单位为项目研究提供的房屋占用，日常水、电、气、暖等消耗，有关管理费用的补助支出，以及激励科研人员的绩效支出等。
预算制项目的间接费用由依托单位统筹安排使用。依托单位应当建立健全间接费用的内部管理办法，公开透明、合规合理使用间接费用，处理好分摊间接成本和对科研人员激励的关系。避免出现在直接费用中列支本应在间接费用开支内容的问题。
间接费用中的管理费用补助支出，以及为项目研究提供的房屋占用，日常水、电、气、暖等消耗，可通过计提或报销的方式使用。绩效支出不得以计提方式视同支出，应在项目资助期内根据研究进展及科研人员在项目研究中的实际贡献，合理确定支出进度和金额。依托单位可将间接费用全部用于绩效支出，并向创新绩效突出的团队和个人倾斜。依托单位不得在间接费用以外，再以任何名义在项目资金中重复提取、列支相关费用。
预算制项目的间接费用一般按照不超过项目直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，并实行总额控制，具体比例如下：
（一）500万元及以下部分为30%；
（二）超过500万元至1000万元的部分为25%；
（三）超过1000万元的部分为20%。
对于数学领域（指数理学部受理的代码1为A01-A06的项目），间接费用一般按照不超过项目直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，并实行总额控制，具体比例如下：
（一）500万元及以下部分为60%；
（二）超过500万元至1000万元的部分为50%；
（三）超过1000万元的部分为40%。
预算制项目实施过程中，项目预算有以下情况确需调剂的，应当按相关程序报自然科学基金委审批。
（一）由于研究内容或者研究计划作出重大调整等原因需要对预算总额进行调剂的；
（二）同一项目课题之间资金需要调剂的。
预算制项目实施过程中，在项目预算额度不变的情况下，预算确需调剂的，按以下规定予以调剂：
（一）设备费预算如需调剂，由项目负责人根据科研活动的实际需要提出申请，报依托单位审批。依托单位应当统筹考虑现有设备配置情况、科研项目实际需求等，及时办理调剂手续。
（二）劳务费、业务费预算如需调剂，由项目负责人根据科研活动实际需要自主安排。
（三）项目间接费用预算总额不得调增，依托单位与项目负责人协商一致后可调减用于直接费用，预算调剂情况应由项目负责人在项目年度进展报告、结题报告中予以说明。
项目资金管理使用不得存在以下行为：
（一）编报虚假预算；
（二）未对项目资金进行单独核算；
（三）列支与本项目任务无关的支出；
（四）未按规定执行和调剂预算、违反规定转拨项目资金；
（五）虚假承诺其他来源资金；
（六）通过虚假合同、虚假票据、虚构事项、虚报人员等弄虚作假，转移、套取、报销项目资金；
（七）截留、挤占、挪用项目资金；
（八）设置账外账、随意调账变动支出、随意修改记账凭证、提供虚假财务会计资料等；
（九）使用项目资金列支应当由个人负担的有关费用和支付各种罚款、捐款、赞助、投资、偿还债务等；
（十）其他违反国家财经纪律的行为。
对国内差旅费中的伙食补助费、市内交通费和难以取得发票的住宿费可实行包干制。对野外考察、心理测试等科研活动中无法取得发票或者财政性票据的，在确保真实性的前提下，可按实际发生额予以报销。
依托单位对其合作研究单位与项目有关的科研活动、资金管理负有监督责任。依托单位应建立完善合作研究资金管理制度，明确合作研究的合同审查、预决算编制、资金转拨、资金使用等要求。
依托单位应通过合作研究协议（合同）约定的方式，明确资金管理要求以及对合作研究单位的监督权限。同时建立合作研究协议（合同）调整的管理机制。
依托单位应根据项目负责人意见，结合合作研究进度、合同约定等因素，及时按照项目计划书和合作研究协议（合同）转拨资金，并加强对转拨资金的监督管理。依托单位不得无故拖延资金拨付。
合作研究单位应按照《资金管理办法》以及合作研究协议（合同）约定等使用项目资金，对项目资金使用的真实性、合规性承担直接责任，并配合依托单位做好项目资金管理。合作研究单位如不履行有关管理职责并存在严重资金管理问题的，依托单位应依据合作研究协议（合同）约定采取暂缓、限制拨付项目资金等措施；对于合作研究单位是依托单位的，还将纳入依托单位信誉评价档案，并按对依托单位的监督管理要求予以处理。合作研究单位不得以委托研发、合作研发等形式再向外转拨资金。