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数理科学部
“十一五”期间，在重点项目的立项和资助方面，为鼓励竞争、促进具有创新思想项目的产生，将采用《指南》公布项目领域多于实际资助项目数和发布研究方向、由研究方向导引下申请者提出研究课题的立项和申请方式，申请者可在如下指定研究领域中，自由确定项目名称、研究内容、研究方案和研究经费。重点项目的立项，主要是依据“十一五”期间学科发展战略调研报告提出的优先资助领域，这样做的目的是希望在整体布局方面能有一个学科发展的总体考虑。
自2008年度起，在数学、力学、天文、物理I和物理II领域均采用发布研究领域、由申请者提出具体研究课题名称和研究内容的方式。2008年度数理科学部拟资助重点项目58个左右，资助经费约1亿元，具体情况见各科学处指南的说明。每年重点项目指南公布的优先领域可能会有所变化，这主要取决于已支持的在研的重点项目领域分布情况。
数学科学处
2008年度拟资助8－10项，经费:1120－1400万元。
黑体字为研究方向，所含条目为鼓励研究内容，后面括号中的字母和数字为申请代码。申请者可选择鼓励研究内容的一项作为申请项目的主要研究工作，譬如1、代数及其应用（此为研究方向）：李代数及其应用，李群及其应用
（此为该条目下的两项鼓励研究内容）。
1.代数及其应用
李代数及其应用，李群及其应用 （A010202）
2.现代微分几何
低维流形的几何与拓扑，几何分析（A010402，A010303）
3.现代分析理论及其应用
变分理论，调和分析（A010601，A010504）
4.常微分方程理论及其应用
泛函微分方程，时滞微分方程与差分方程（A010701）
5.动力系统与遍历论
动力系统的分支理论及应用，复动力系统（A010703，A010502）
6.偏微分方程理论及其应用
非线性色散方程，可压缩流体力学方程（A010801）
7.最优化理论和应用
非线性优化，多目标优化 （A011201）
8.最优控制的数学理论
无限维控制系统的数学理论（A011301）
9.图论与组合
应用图论，组合设计（A011602，A011601）
10.计算数学的理论和应用
计算流体，数值代数，计算几何（A011702，A011705，A011706）
力学科学处
申请者应具有高级专业技术职务并在所选择的重点项目领域中具有较好的研究工作积累和较高的学术造诣，其课题组的研究队伍应有一定规模。申请者需在申请书的附注说明栏中注明所选领域的名称。
拟资助11－13项，经费:2 200－2 600万元。
1.航空航天中的非线性动力学与控制（A0202）（与信息科学部交叉）
2.大型复杂结构的振动控制（A0202）
3.功能材料的基础力学问题（A0203）
4.多场耦合的力学问题（A0203）
5.结构完整性和耐久性研究（A0203）
6.先进制造中的关键力学问题（A0203）（与工程与材料科学部交叉）
7.复杂流动机理研究（A0204）
8.高速水动力学中的关键科学问题（A0204）
9.环境灾害中的流体力学问题（A0204）（与工程与材料科学部交叉）
10.人类健康及疾病诊治中的生物力学问题（A0205）
11.极端条件下的关键力学问题（A02）
12.计算力学新理论与新方法（A02）
13.实验力学新方法与新技术（A02）
天文科学处
2008年度拟资助6－8个重点项目，资助强度180－240万元。
1.星系宇宙学（A0301，A0302）
拟重点研究的关键科学问题包括：
1）宇宙学参数的测定，特别是暗物质和暗能量的物理性质，早期宇宙演化遗留的可观测现象；
2）宇宙中各种天体和结构的形成，结构形成过程中关键的物理过程
3) 星系形成与演化；
4）活动星系核的辐射、结构与演化。
2.恒星的形成、演化和爆发（A0303）
拟重点研究的关键科学问题包括：
1）恒星的形成和其早期演化，特别是对大质量恒星的形成和在星系环境下恒星大规模形成的观测和理论研究；
2）恒星结构与演化和恒星大气，恒星晚期演化和致密天体及其相关的爆发现象和辐射机制,太阳系外行星的形成、演化的观测和理论；
3）银河系的结构和演化。
3.太阳物理（A0304）
拟重点研究的关键科学问题包括：
1)太阳磁场和速度场的结构和演化，太阳磁场与等离子体相互作用过程；
2)太阳爆发事件，特别是太阳耀斑和日冕物质抛射的源区特征、物理机制和高能、射电辐射及动力学过程；
3）太阳爆发活动对日地空间天气的影响，太阳活动预报的物理基础和方法；
4）日震学、太阳发电机和太阳活动周机制；
5）日冕加热机制和高速太阳风的起源。
4.天体测量和天体力学（A0308，A0309）
拟重点研究的关键科学问题包括：
1） 天体测量方法与天文参考架建立；
2） 天体力学理论和方法；
3） 行星与恒星系统动力学；
4） 太阳系自然与人造天体动力学；
5） 天文地球动力学；
6） 面向国家重大需求的应用天文学。
5.天文技术与方法（A0311）
拟重点研究的关键技术问题包括：
1）射电天文技术（包括毫米波与亚毫米波）；
2）光学与红外天文技术；
3）高能天文技术；
4）空间天文技术及其他天文技术和方法。
物理科学一处
项目申请人应主持完成过国家级项目，研究队伍要有一定规模。优先支持在研究目标引导下的包含新能源中的物理问题、先进材料制备、物理实验测量与表征的新技术和新方法、以及新的计算方法和模拟软件等内容的申请项目，支持理论与实验密切结合的申请。在申请书的附注说明中务请注明申请针对那个方向。2008年拟资助
14－15个重点项目，平均资助强度200万元/项。
1.太阳能、氢能和其他新能源中的物理问题。(A0402,
A0404)（与信息科学部交叉）
2.新功能材料物理 (A0402, A0404)
（与信息科学部和材料与工程科学部交叉）
1）新型人工微结构材料及物理特性；
2）铁电、热电等新型功能材料及物理特性；
3）高效发光与光电转换材料物理；
4）新磁性功能材料及其异质结构的物理特性。
3.受限体系的量子现象 (A0402, A0404)
4.关联电子系统中的新奇现象 (A0402)
1）强关联电子系统特殊的物理性质、金属-绝缘体转变及量子相变；
2）低维相互作用电子系统的新物理问题。
5.生物信息、生物大分子结构和功能的新物理问题（A0401）（与信息科学部和化学科学部交叉）
1）非编码RNA、DNA功能片断及蛋白质分子的三维结构的功能模拟与预测；
2）生物大分子（DNA、RNA及酶蛋白）相互作用网络动力学及系统生物学；
3）生物分子自组装和生物纳米体系的物理、力学性质；
4）生物分子的操纵、分析与测量的新原理、新方法和新技术。
6.原子分子体系的复杂相互作用（A0403）（与化学科学部交叉）
1）特殊环境（超冷、超强、超快等）下的原子分子性质及应用；
2）与尺寸相关的团簇物性与动力学。
7.超快、超强光物理( A0404)
1）阿秒激光物理及超快现象；
2）超短脉冲的极端非线性光学现象。
8.微纳尺度的光子学(A0404)（与信息科学部交叉）
1）新型光子晶体及其集成；
2）微纳尺度腔量子电动力学现象；
3）表面等离子激元物理。
9.量子信息物理(A0402, A0403， A0404)
1）量子信息的存储、传输、克隆、识别及测量的物理问题；
2）量子比特的物理实现，量子纠缠的产生与度量，量子中继的原理与方法；
3）量子计算的新原理、新方法。
10.新型光源的物理（A0404）
1）频率转换的新原理和新技术；
2）红外、THz辐射的产生、探测及其与物质相互作用；
3）新型激光原理探索。
11.新型声学换能器及其阵列（A0405）（与信息科学部交叉）
1）新型声学换能材料与宽带声学换能器；
2）测量物理、化学、生物量的声表面波等传感器。（与化学科学部交叉）。
12.海洋声场时空特性及其应用（A0405）
1）三维非均匀海洋环境中的声传播、起伏与散射特性；
2）海洋声学层析新方法及其在海水声速快速预报中的应用。
13.复杂介质中声的传播、检测与作用理论（A0405）
1）特殊介质和结构中的声波传播与检测理论；
2）定量声学探测与评价的理论和方法。
14.高精密物理测量技术原理和关键设备（A04）（与信息科学部和化学科学部交叉）
1）高（时空、能量）分辨、高灵敏度的测量技术原理和关键设备的研制；
2）单光子、电子、原子/分子的测量与控制；
3）纳米尺度的新型表征和测量技术；
4）精密科学仪器的功能扩展与性能改进。
物理科学二处
申请者请在正文开头说明是依据哪个方向提出的申请，如：所申请的重点项目是依据方向“1．量子操纵与量子信息物理的基础研究”提出，……。2008年度拟资助10-12项，总经费约2000－2500万元。
1.量子操纵与量子信息物理的基础研究（A0501）（与信息科学部交叉）
2.格点量子色动力学的研究（A0502）
3.高能宇宙线实验和理论研究（A0502）
4.强子物理和奇特态的研究（A0502、A0503）
5.高温、高密强相互作用物质性质的研究（A0503）
6.射线束在生物、医学和材料科学中应用的基础研究（A0504）（与生命科学部、工程与材料科学部交叉）
7.慢正电子束技术及应用的基础研究（A0504）
8.高能物理前沿的物理、加速器和探测器研究（A0505）
9.强激光驱动高能粒子产生、加速、输运及能量沉积研究（A0505、A0506）
10.磁约束等离子体的关键物理问题及技术研究（A0506）
11.新型低温等离子体源中的关键物理问题及技术研究（A0506）
12.先进同步辐射光源和新光源的关键技术研究（A0507）
13.同步辐射光束线与实验站的先进技术和实验方法研究（A0507）（与化学科学部交叉）。
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