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重点项目是国家自然科学基金资助体系中的另一个重要层次，主要支持科技工作者结合国家需求，把握世界科学前沿，针对我国已有较好基础和积累的重要研究领域或新学科生长点开展深入、系统的创新性研究工作。重点项目基本上按照五年规划进行整体布局，每年确定受理申请的研究领域、发布《指南》引导申请；重点项目的申请要体现有限目标、有限规模和重点突出的原则，重视学科交叉与渗透，利用现有重要科学基地的条件。一般情况下，由一个单位承担，确有必要时，合作研究单位不超过2个。研究期限一般为4年（特殊说明的除外）。
《指南》按照科学部的顺序介绍2007年拟立项的重点项目领域或方向。在每个领域或方向后标有申请代码，请申请者在基本信息表中选择此代码作为申请代码1，根据项目研究内容自由选择申请代码2。申请书正文须按照重点项目撰写提纲撰写。除此之外，还必须注意各科学部对申请重点项目的要求。
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