化学科学二处资助的范围包括有机化学和化学生物学。化学生物学的研究内容含在各个相关的科学处的指南中。

　　有机化学学科

　　有机化学是研究有机物质的来源与组成、合成与制备、结构与性质、反应与转化以及功能与作用机制的科学。有机化学的新理论、新反应、新方法不仅推动了化学学科的发展，同时也促进了该学科与生命科学、材料科学、信息科学和环境科学在更大程度上的交叉，进一步拓展了有机化学的研究领域。当今有机化学研究的特点是：（1）有机化学中的分子设计、识别与组装等概念正在影响着多个自然科学研究领域的发展；（2）有机化学与生命科学的交叉为研究和认识生命体系中复杂现象提供了新的方法和手段；（3）新型有机功能物质的发现、制备和利用，在满足人类的需求方面做出重要贡献；（4）选择性反应尤其是催化不对称合成，已成为有机合成研究的热点和前沿；（5）绿色化学正成为合成化学研究的一个重要内容；（6）新技术的发展与应用推动了有机反应机理研究的深入。

　　通过多年科学基金的持续资助，我国有机化学的基础研究在金属有机化学、物理有机化学和不对称合成等研究领域取得了重要成果。在近五年资助的项目中，有机合成化学占34.3％，金属和元素有机化学占14.9％，天然有机化学占11.8％，物理有机化学占13.8％，药物化学占7.1％，生物有机化学占8.5％，有机分析化学占0.7％，应用有机化学占8.9％。从学科今后发展的角度来看，在有机合成化学研究领域，应更多关注复杂有机分子合成的新颖性和高效性，加强具有重要生理功能的天然产物和新化合物的研究；在金属有机与元素有机研究领域，应重视有机化学中绿色化学的基础研究，鼓励对新试剂、新方法、高选择性催化反应的研究；在物理有机化学研究领域，应进一步加强有机化学理论研究的深度以及新型功能分子的结构与性质研究。

　　鼓励研究领域：有机反应及反应机理、新试剂、新方法、新技术的研究（特别是高选择性、高效率有机合成反应和绿色化学）；超分子化学、分子识别和（自）组装等研究；新型有机功能材料的合成及其物理与化学性能的基础研究；具有明显生理活性、结构较为新颖复杂的天然有机化合物的发现、合成和仿生合成研究；化学生物学方面重点资助那些选择生物医学中特定研究对象、旨在解决本学科重要基本问题并能产生新的学科生长点的研究，包括生物大分子（如蛋白质、核酸、多糖和多肽等）和小分子的相互识别与相互作用，酶和模拟酶催化的有机合成及高选择性化学生物转化；有机化学与相关学科交叉结合中其他基本理论问题（特别是面向国家重大需求的、有机化学中的基础科学问题）的研究。