为吸引和鼓励部分香港、澳门优秀青年学者回内地工作，自然科学基金会特设立香港、澳门青年学者合作研究基金。该基金资助在香港、澳门从事科学研究、暂不回内地定居的45岁以下优秀青年学者每年在内地进行一定期限的自然科学基础研究和应用基础研究。

　　申请香港、澳门青年学者合作研究基金应具备以下条件：

1. 热爱社会主义祖国,具有良好的学风和科学道德；
2. 在香港或澳门从事科学研究，可保证每年在内地工作两个月以上；
3. 申请者当年1月1日未满45周岁；
4. 具有所在地副教授级以上或成绩突出的相当于助理教授级的专业技术职务，在香港或澳门独立主持一个实验室或一个重要的研究项目（须提供任职证书复印件和研究项目批准通知书复印件）；
5. 在自然科学基础研究中，已取得国际同行承认的创新性学术成就，或在应用基础研究方面已取得突出的创造性科技成果；拟开展的研究工作属国际前沿且为国内所急需，与合作者有一定的合作基础；内地主要合作者一般也应具有相当水平的青年学者。
6. 在内地的合作研究单位（简称“合作单位”）已经落实并与其签订了合作研究协议书（简称《协议书》）。在协议书中，双方应就以下主要问题达成一致意见：
   1）合作研究的课题名称以及研究方向、预期目标等；
   2）合作单位承诺保证合作研究所必需的主要实验设备以及人力、物力等条件的配备；
   3）获资助者每年在合作单位的工作时间至少在两个月以上。
7. 合作单位系指内地合作申请者所在单位，即本基金申请获资助后的项目依托单位。

　　申请香港、澳门青年学者合作研究基金须落实在内地的合作者及合作研究单位，并与其签订合作研究协议书；申请香港、澳门青年学者合作研究基金者使用通用的国家自然科学基金申请书，按照“香港、澳门青年学者合作研究基金申请书正文撰写提纲”的要求，输入准确信息、撰写申请书、提交相关附件材料，并向合作单位提出申请，合作单位的学术委员会或专家组对申请人严格按照规定条件择优遴选，经审核并签署推荐意见后，将纸质申请书和附件材料（包括协议书）一式六份报送自然科学基金会。

　　香港、澳门青年学者合作研究基金注重考察的是申请人学术水平、国家需求及合作基础，因此申请者在申请该项基金之前首先须落实在内地的合作者及合作研究单位，并与其签订合作研究协议书；申请书摘要部分应填写申请者的“主要学术成绩”；合作者信息填写在“项目组成员”栏目的第一行。

　　申请截止时间为当年的3月31日。