生命科学二处包括生态学科和林学两个学科，长期实验数据的积累是这两个学科开展科学研究的基础。

生态学学科

　　全球性生态环境问题的加剧与可持续发展对科学理论的要求，直接推动了生态学的迅速发展。生态学在继续探索生物与环境相互作用机理、生物进化与适应机制的同时，还积极为解决区域性、全球性环境问题发展新的理论与方法。

　　生态学科在基础研究方面的发展趋势是：（1）与其他学科领域的交叉研究十分活跃，与化学、地球科学、信息科学以及管理科学等的交叉成为生态学综合性的特征，而学科的交叉对发展生态学理论与方法体系具有重要意义。（2）生态学在研究尺度上向微观和宏观两个方向发展，分子生物学技术、遥感和地理信息系统技术已越来越多地应用在生态学研究中。（3）以定位研究为基础的实验生态学的研究越来越受到重视。

　　从近年资助项目来看，生理生态学、种群生态学和动物行为生态学是生态学获得项目资助较多的分支学科；在以长期定位研究为基础的实验生态学、景观生态学、区域生态学及生态安全方面的研究，近年来申请和获得资助的项目有所增加，但仍是生态学发展较为薄弱的一个方面，是本学科特别需要加强的领域之一。

　　分析生态学科申请项目未获得资助的原因，主要的共性问题是：（1）选题过大，概念不清，科学问题不突出；（2）项目创新性不强；（3）研究方法和技术路线过于泛化，难以判断项目的可行性；（4）对国外研究有盲从和缺乏全面而正确理解两种倾向。

　　生态学科鼓励创新性强的理论联系实际的多学科交叉研究项目，尤其是有望取得重大突破的新理论、新方法的研究及结合我国生态环境特点的基础与应用基础研究项目；提倡野外观测、控制实验、模型以及与现代技术手段相结合；学科重视"绩效挂钩"和连续资助，对于前一基金项目完成得好的、且新申请项目是在原有方向基础上继续深入研究的项目，将给予优先资助。

林学学科

　　林学学科近期的发展有以下几个方面的特点：（1）研究的层次不断向宏观上的综合和微观上的深化方向发展；（2）分子生物学、材料科学、遥感和信息科学与林业科学的交叉成为推动学科发展的重要动力；（3）注重群体、个体、细胞和分子研究的相互结合和物种间的协同和相互作用；（4）更加重视森林在保护环境与维持生态平衡方面的功能研究。

　　从近几年受理和资助的项目来看，我国林业科学在微观领域的前沿研究以生物技术为主，而学科交叉项目则多以分子生物学技术、材料技术、空间和信息技术为先导，在一些研究领域已形成了自己的特色，但就整体水平而言，与发达国家相比仍有一定的差距。一些基础学科，如树木生理学、林木遗传学、生物信息学尽管研究水平有了较大的提高，也进入了细胞、分子基因的研究层面，并取得了显著进展，但多数研究仍属于跟踪性质，缺少创新学术思想，而某些传统学科，如树木分类、林木病原微生物和昆虫分类等申报项目较少，呈现出萎缩态势。近年来，林学学科申报项目数增长很快，2003年面上项目申报数为361项，2004年达456项，但申请项目存在着学术思想和研究方法创新不足，科学问题与我国林业重大科技需求结合不紧密，题目过大，内容空泛等普遍问题。青年基金中优秀项目偏少。

　　由于林学学科的应用性特点，应用基础研究项目申报与资助是该学科的主体。2005年林学学科在充分保护自由探索的基础上，鼓励科学家围绕我国林业发展重大科技需求开展基础和应用基础研究。强调对一些重要科学问题的连续资助和重点支持，如林木育种的遗传基础和种质创新，天然林保护与恢复理论、人工林高效培育的基础研究，森林生态系统的结构与功能。实行绩效挂钩，逐步完善基金信用制度，对完成基金项目好的科学家和第一次申报项目的青年科学家予以特别的关注和倾斜。鼓励对一些重要领域如森林化学、树木生理生化与分子生物学、林木遗传学和生物信息学、森林培育学进行创新性和学科交叉研究，在森林生物分类方面给予一定的倾斜。重视森林重大灾害（病、虫、火灾和逆境）的基础和应用基础研究，提高森林质量、木材品质及利用率的基础以及新技术、新方法的研究。对一些研究方向给予鼓励，如林木及花卉优异种质和优异基因源的发掘和分析、树木抗性分子生理学、林木品质形成的分子调控理论与技术、水土保持和荒漠（石漠）化防治理论、农林复合系统、林源重要天然产物组分和结构分析和应用基础研究等。