重大研究计划“微进化过程中的多基因作用机制”于2011年6月立项，实施期为8年，资助经费2亿元。该重大研究计划的总体目标是：运用基因组学及多学科交叉的综合手段，通过研究微进化中生物适应快速变化环境的重要体系，揭示基因组在序列、结构、表观遗传修饰、及转录水平上的变异及其影响表型进化的作用机理，阐明多基因之间的相互作用与网络调控的分子机制及其进化意义。其关键和核心科学问题是生物如何在全基因组水平上通过基因突变与多基因交互作用，改变生理与行为等表型或性状以适应环境的变异。该重大研究计划设置5个关键科学问题开展研究：1.新环境下的基因组变异及分子机制；2.极端环境下的基因组变异与适应的分子机制；3.人工选择下的基因组变异与适应的分子机制；4.细胞在人体内部环境的适应和变异—超微进化研究；5.基因组和基因相互作用的计算生物学新方法。
重大研究计划“微进化过程中的多基因作用机制”2011年度安排资助经费约3500万元，拟资助“培育项目”15-20项，“重点支持项目”6-8项，项目申请指南于2011年7月发布，受理截止日期8月26日。截止受理结束，共收到项目申请105项，其中重点支持项目23项，培育项目82项，科学处对申请人资格和申请书进行了形式审查，其中有1个重点支持项目和4个培育项目的申请不符合规定，予以初筛。受理的100个项目基本涵盖了重大研究计划全部5个关键科学问题，但各个关键科学问题项目数不平衡，其中在新环境下的基因组变异及分子机制方面，申请重点支持项目7项，培养项目30项；在极端环境下的基因组变异与适应的分子机制方面，申请重点支持项目7项，培养项目13项；在人工选择下的基因组变异与适应的分子机制方面，申请重点支持项目6项，培养项目9项；在细胞在人体内部环境的适应和变异—超微进化研究方面，申请重点支持项目2项，培养项目14项；在基因组和基因相互作用的计算生物学新方法方面，没有重点支持项目的申请，申请培养项目12项。
目前项目已指派同行专家进行通讯评议。