国家自然科学基金委员会于2010年1月4日在北京组织专家对国家自然科学基金重大项目“禽流感关键基础科学问题研究（NSFC30599430）”进行了结题验收。该项目在禽流感病毒分子流行病学、病毒蛋白结构与功能、感染机制与免疫应答、禽流感病毒感染人的特点与传播途径等方面都取得了原创性的结果，圆满完成了计划任务，为进一步开展流感基础研究、流感疫苗的研制、药物开发提供了新的思路，受到专家组的好评，获得了特优的综合评价。
针对禽流感频繁发生和人感染禽流感新发病例不断出现，国家自然科学基金委员会迅速作出反应，组织多学科相关领域的专家进行了论证，经过立项、公开申请、项目初评、答辩和委务会审议，2005年紧急启动了中国科学院微生物研究所高福研究员主持的重大项目“禽流感关键基础科学问题研究”。该项目共分4个课题：课题1“禽流感病毒分子流行病学和病毒进化变异规律”，由中国农业大学刘金华教授负责；课题2 “禽流感病毒主要蛋白的结构与功能研究” ，由中国科学院生物物理研究所刘迎芳研究员负责；课题3“人感染禽流感病毒机制研究”，由国家疾病预防控制中心舒跃龙研究员负责；课题4“禽流感病毒感染的免疫应答及免疫保护机制研究” ，由中国科学院微生物研究所高福研究员负责。
历经4年研究，课题组阐明了近年来流感病毒在多种动物和人中的分子流行病学特征与进化变异规律；解析了H5N1病毒RNA聚合酶部分亚基的结构，发现了PA的新功能，为抗流感病毒药物设计提供了潜在的新靶点；发现了流感病毒NS1蛋白在调控PKR信号通路中的作用；首次报道了流感病毒感染引起人肺上皮细胞自噬，发现自噬抑制剂可以抑制流感病毒的复制；鉴定了第一个具生物学功能的H5N1病毒CTL表位，为进一步研究病毒感染与宿主细胞免疫应答、生物标记诊断与新型疫苗研发提供了新的信息；基于病毒膜融合机制，设计和筛选出一种能抑制流感病毒膜融合的多肽抑制剂；发现了H5N1病毒可以通过胎盘进行母婴传播，人肠道细胞存在禽流感病毒α-2, 3半乳糖苷唾液酸受体。
通过项目的实施，课题组凝聚了国内跨学科领域的研究人才，形成了具有国际竞争力的团队，开展了与国内外同行的广泛交流与合作，多次组织相关国际会议，引起了国内外同行的关注。
在项目支持下，有1人获得国家自然科学基金委员会国家杰出青年科学基金资助；培养博士研究生12名，其中1人获得中国科学院优秀博士生称号；培养硕士研究生12名。发表论文49篇，其中2篇发表于Nature，1篇发表于Lancet；申请专利13项，其中国际专利1项。
鉴于项目取得的重要进展，专家组一致通过验收，同意结题，项目综合评估为特优，同时建议国家自然科学基金委进一步资助后续研究。