在国家自然科学基金“免疫力数字解码”重大研究计划项目（批准号：92374116）等资助下，北京大学前沿交叉研究院曾泽贤研究员与合作者在空间转录组学技术发展与应用方面取得新进展。研究成果以“基于人类肿瘤样本的高通量亚细胞空间转录组学平台的系统性评估（Systematic benchmarking of high-throughput subcellular spatial transcriptomics platforms across human tumors）”为题，于2025年10月17日在《自然通讯》（Nature Communications）杂志上发表，论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-025-64292-3。
空间转录组学将高通量转录组学与组织结构的空间背景相结合，使单细胞RNA测序在分辨率和通量上有了显著提升。但测序型和成像型空间转录组平台在肿瘤免疫研究上的相对优劣性仍有待系统比较。针对上述问题，研究团队利用临床结肠癌、肝癌和卵巢癌样本的多组连续切片，以空间蛋白组和单细胞转录组为参考数据集,系统性的比较了4种空间转录组平台在捕获灵敏度、特异性、细胞分割、细胞聚类、细胞注释、空间聚类上的异同性，为从空间视角解析肿瘤免疫力及免疫相关机制提供了关键参考，并为推动空间转录组技术发展、计算模型优化及相关生物学问题解析提供了重要支撑。
图 实验设计与数据产生