在国家自然科学基金项目（批准号：T2525019）等资助下，复旦大学公共卫生学院、上海市重大传染病和生物安全研究院粟硕教授团队联合中国科学院微生物研究所等单位，在哺乳动物微生物组及抗生素耐药基因跨宿主传播研究方面取得进展。相关研究成果以“Extensive cross-species transmission of pathogens and antibiotic resistance genes in mammals neglected by public health surveillance（公共卫生监测忽视的哺乳动物中病原体及抗生素耐药基因的广泛跨物种传播）”为题，于2025年8月26日在《细胞》（Cell）杂志上在线发表。论文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.08.016。
受制于低丰度微生物检测灵敏度不足、物种注释分辨率有限以及抗生素耐药基因（ARGs）与可移动遗传元件（MGEs）的耦合机制不明等瓶颈，难以系统性解析哺乳动物体内微生物病原体与耐药基因的多样性和跨物种传播机制。研究团队构建了多组学高分辨率微生物组解析框架，实现了低丰度及新型微生物的精确鉴定；建立了ARG-MGE高精度注释体系，绘制出临床重要耐药基因的多维度跨宿主共享网络；解析了近3万个哺乳动物微生物基因组，鉴定出128种病毒、1万余种细菌、200余种真菌和多种寄生虫，发现了超过7000种细菌属于微生物“暗物质”。该研究填补了哺乳动物微生物组研究空白，揭示了病原体及耐药基因跨宿主传播网络，拓展了人类对微生物多样性与潜在生态风险的认知，为新发病原精准预测、耐药监测提供了理论基础和技术支撑。
图 融合多组学方法的哺乳动物高分辨率微生物组图谱