图 ARRP-seq用于融合基因、点突变等痕量低频核酸变异检测的示意
在国家自然科学基金项目（批准号：22174094）等资助下，上海交通大学宋萍和国际和平妇幼保健院王玉东团队在融合基因检测领域取得进展，研究成果以“用于新型基因融合定量检测的锚定随机反向引物测序（Anchored random reverse primer sequencing for quantitative detection of novel gene fusions）”为题，于2026年1月2日发表于《自然 生物医学工程》（Nature Biomedical Engineering）杂志，论文链接：https://doi.org/10.1038/s41551-025-01564-9。
融合基因是指由两个或多个独立基因的序列通过染色体易位、倒位或缺失等结构变异重新组合而成的杂交基因。作为驱动肿瘤发生发展的核心驱动因子，融合基因不仅是临床精准诊断的关键指标，也是靶向药物开发的重要靶点。然而，由于临床样本中融合基因含量低且断点分散，引物探针难以全覆盖，导致检测灵敏度受限。针对这些挑战，上述研究团队开发了ARRP-seq技术，通过靶向引物与随机引物的结合设计，将核酸捕获效率由传统连接法的约 12% 提升至 89%，同时实现了对不同断点融合基因的均一捕获。这种对有效信号的高度保留，确保了极低频的变异信号在生化处理过程中不被湮没，避免因为分子捕获不足造成的漏检。此外，该团队进一步通过抑制探针放大技术，利用探针杂交能量差异实现对野生型模板的抑制和突变型模板的放大，进一步提高检测灵敏度，将融合基因的检测限大幅降低至0.1%。临床验证表明，ARRP-seq在宫颈癌组织中系统性鉴定了42个新型融合标志物，揭示了其在分子分型与指导用药中的潜力。在基于多维核酸变异信息构建的前列腺癌分类模型中，受试者工作特征曲线下面积达到0.88，证明该技术在复杂临床场景下具有一定的应用价值。