根据国务院办公厅下发的《政府网站与政务新媒体检查指标》要求，国家自然科学基金委员会认真贯彻落实，推行常态化监管，开展政府网站与政务新媒体检查和抽查工作。
2025年6月，国家自然科学基金委员会对门户网站进行了抽查，重点检查了网站的可用性、信息发布情况和办事服务功能，并对官方微信公众号“国家自然科学基金委员会”进行了内容更新、互动回应方面的检查。检查结果均合格。