遵照“一国两制”和《中华人民共和国香港特别行政区基本法》的原则，自然科学基金会继续积极支持和资助内地与香港地区科学家在共同感兴趣的领域进行形式多样的合作与交流。内地与香港的合作与交流应优势互补、相互促进、成果共享、共同提高；同时应突出重点、形式灵活，可以采取合作研究、共同举办国际和国内学术研讨会及互派访问学者等合作方式。总之，要有利于促进香港的长期繁荣稳定，有助于促进双方科学研究水平的提高，有利于国家整体科学实力的增强。

　　1998年11月23日，自然科学基金会与香港研究资助局共同设立了联合科研资助基金。根据协议，2005年度联合科研资助基金仍将为500万元人民币和1000万元港币。优先资助领域包括信息科学、生物科学、新材料、海洋与环境科学、中医中药研究和管理科学。具体申请事项请见《关于国家自然科学基金委员会与香港研究资助局联合科研资助基金2005年度项目申请的通知》。自然科学基金会将在2004年四季度会同其他类型基金另行正式通告。

　　自然科学基金会将继续支持内地与澳门特别行政区科学家之间有实质内容的各种合作与交流活动，加强内地和澳门地区科学家之间的交流与合作，重点资助的领域包括环境保护与城市发展等方面的研究项目。

　　自然科学基金会一贯致力于鼓励和推进海峡两岸的中国科学家开展学术交流与合作，在优势互补、成果共享、相互促进、共同提高的基础上，2005年将继续推动和资助祖国大陆和台湾地区科学家的合作与交流，争取在双方共同感兴趣的领域促成若干有实质性内容的合作研究项目。