自然科学基金会与下列5个研究型的国际组织签署了科技合作协议: 与位于瑞士日内瓦的欧洲核子研究中心(CERN) 的合作，是与科技部、中国科学院共同资助的一项重大国际合作研究项目；与位于意大利的国际理论物理中心(ICTP) 的合作，每年输送数十名数学、物理和大气物理领域的青年学者去ICTP参加暑期研讨班，进行短期合作研究或博士后研究等诸多研究活动；与位于菲律宾的国际水稻研究所和位于墨西哥的国际玉米小麦改良中心及位于澳门地区的联合国大学软件所合作，共同资助特定领域的合作研究项目。

　　自然科学基金会代表中国加入国际应用系统分析学会(IIASA)，为中国科研人员开展多元化的多边合作开辟了一个基地。IIASA在能源、环境、土地利用、人口等领域处于世界领先地位，因此处于大型国际合作项目协调人的有利地位。自然科学基金会鼓励中国科研人员与IIASA各项目组建立合作关系，成为项目组成员，并与IIASA项目组联合申请来自各国政府机构、私人基金会、国家科学基金会、世界银行、欧盟第六框架计划等机构的研究经费。自然科学基金会在2002年试点的基础上，从2003年起正式设立资助中国青年科学家参加IIASA“青年科学家暑期项目”(YSSP)，全额或部分资助若干名青年科学家参加IIASA每年5月至8月举办的为期3个月的该类项目。有关信息和申请表格可在IIASA的网上下载。网址： http://www.iiasa.ac.at

　　自然科学基金会鼓励承担基金项目的优秀青年科研人员在重要学术性国际组织中任职，并将有重点、有选择地资助他们在该组织中开展的学术活动。