2020年4月9日国家自然科学基金委员会委务会议审议通过
第一章 总 则
第一条 为了监督国家自然科学基金资助项目（以下简称项目）资金的合法合规管理和使用，进一步规范和加强项目资金监督检查工作，根据《国家自然科学基金条例》《国家自然科学基金资助项目资金管理办法》等相关规定，制定本办法。
第二条 国家自然科学基金委员会（以下简称自然科学基金委）对项目依托单位和项目负责人管理和使用项目资金的情况进行监督检查，适用本办法。
第三条 项目资金监督检查落实“简政放权、放管结合、优化服务”改革精神，在遵循科研规律、尊重依托单位和项目负责人对项目资金管理和使用自主权的基础上，强化内部管理、法人负责和科研人员自律，坚持内部管理与外部监督相结合。
第四条 项目资金监督检查依法依规进行，并遵循公正、公开原则。
第五条 本办法规定的项目资金监督检查工作由自然科学基金委科研诚信建设管理部门（以下简称诚信建设部门）组织实施，其组织职责主要包括：
（一）开展项目资金监督检查相关政策与规定的宣传和培训；
（二）监督检查依托单位关于项目资金内部管理与风险防控规章制度的建立健全和执行；
（三）组织检查依托单位和项目负责人项目资金管理和使用情况；
（四）受理关于项目资金管理和使用的投诉举报，并进行相关调查；
（五）根据项目资金检查结果或发现的问题，提出处理建议并向自然科学基金委报告；
（六）督促依托单位和项目负责人及时整改项目资金管理和使用中存在的问题；
（七）有关项目资金管理和使用的其他监督检查工作。
自然科学基金委有关部门在各自职责范围内积极配合项目资金监督检查工作。
第六条 依托单位应当切实履行项目资金管理主体责任，认真落实国家有关政策规定，按照权责一致的要求，强化自我约束和自我规范，管理和监督项目负责人及项目组成员对项目资金的使用，自觉接受并积极配合自然科学基金委的监督检查。
第二章 监督检查的内容与措施
第七条 自然科学基金委对依托单位履行项目资金管理职责的下列情况进行监督检查：
（一）建立健全项目资金管理规章制度情况。包括制定各种落实项目资金管理权限的具体措施、内部管理办法。
（二）切实履行项目资金管理主体责任情况。包括建立并运行职责明确、程序规范、便捷高效的项目资金管理体制、机制，加强预算审核、资金支付或报销、财务核算和结题决算、间接费用统筹使用、外拨或结余资金使用等重点环节的管理等。
（三）实施和完善项目资金使用内部监督情况。包括建立健全绩效管理、信誉承诺、信用管理、信息公开等措施，完善内部风险防控机制，加强对项目资金使用的内部监督，纠正项目资金管理使用中的违规行为等。
第八条 自然科学基金委对项目负责人落实项目资金使用直接责任及使用资金的合法性、合规性、真实性和相关性等情况进行监督检查。
第九条 根据项目资金监督检查工作的需要，自然科学基金委可以采取下列措施：
（一）查阅复制项目资金管理或使用方面的有关文件、财务账册等资料；
（二）向有关依托单位和个人调查核实项目资金管理使用情况或问题；
（三）对依托单位、项目负责人或有关责任人在项目资金管理使用中存在的问题提出整改意见，并督促改进或纠正；
（四）对依托单位、项目负责人或有关责任人违规使用资金的行为，作出处理或处罚；
（五）将项目资金检查结果或违规行为列入依托单位和项目负责人信誉记录；
（六）其他必要的措施。
第三章 监督检查的方式与程序
第十条 项目资金监督综合运用常规检查、随机抽查和定向检查相结合的方式，以常规检查为主，随机抽查和定向检查为辅。
第十一条 自然科学基金委对于项目资金的监督检查，可以采用自己组织检查、责成依托单位或委托社会中介机构检查等多种形式进行。
委托开展项目资金检查工作，需要依法履行规范的委托程序和手续。
依托单位或社会中介机构应当认真履行自然科学基金委赋予的资金检查职责。
第十二条 常规检查以风险为导向，在综合考虑项目类型、学科领域、地域分布等基础上，重点针对资助体量较大、近年结题项目较集中地区和资助额度较大项目进行周期性抽查。
第十三条 常规检查按照以下程序组织实施：
（一）确定项目资金检查对象和范围；
（二）组建检查组，委托社会中介机构；
（三）通知被检查依托单位并要求其准备相关资料；
（四）检查组进驻被检查依托单位开展检查；
（五）检查组完成资金检查工作报告。
检查组作出资金检查工作报告之前，应当认真核实发现的问题，收集相关证据材料，并听取被检查依托单位、项目负责人或有关责任人意见。
第十四条 随机抽查作为常规检查的补充，面向全国随机抽取不特定的地区和项目进行资金检查，具体程序参照本办法第十三条规定的常规检查程序。
第十五条 定向检查以问题为导向，主要针对投诉举报中涉及项目资金管理或使用的问题进行检查。
第十六条 对涉及项目资金管理或使用问题的投诉举报，诚信建设部门遵循“集中管理、分类处置、及时办理”的原则，针对下列情况分别作出处理：
（一）就投诉举报事项或线索进行调查核实，调查中可以要求相关依托单位提供财务账册等资料，依托单位应当积极配合或协助；
（二）委托社会中介机构对投诉举报事项进行现场检查，社会中介机构根据检查结果作出资金检查工作报告；
（三）责成被举报人所在依托单位进行调查核实，依托单位应当积极开展调查核实并及时报送核查结果。
第四章 监督检查的结果与处理
第十七条 诚信建设部门根据项目资金检查或调查的结果，形成资金检查总结报告，并对发现的问题提出处理建议。
第十八条 诚信建设部门将项目资金检查总结报告及处理建议报请分管委领导审批，重大复杂问题提请委务会议审议批准。
第十九条 诚信建设部门根据审批或批准的项目资金检查总结报告向依托单位反馈检查结果，并跟踪、督促其整改。
第二十条 对项目资金监督检查中认定的违规管理或使用项目资金的行为，自然科学基金委依据《国家自然科学基金条例》等相关规定，对违规依托单位或责任人作出相应处理决定。
第二十一条 自然科学基金委在对违规管理或使用项目资金行为作出处理决定前，应当告知依托单位或责任人作出处理决定的事实、理由及依据，并听取其陈述、申辩。
第二十二条 自然科学基金委在一定范围内公布项目资金监督检查结果，对行为恶劣、影响较大的严重违法违规行为按程序向社会公布。
第二十三条 自然科学基金委建立和完善项目资金信誉管理机制。
对项目资金监督检查中发现的违规行为，在依据《国家自然科学基金条例》等相关规定予以处理的同时，列入相关依托单位和项目负责人的信誉记录，作为对依托单位和项目负责人信誉评级和后续检查强度的依据。
第二十四条 对项目资金监督检查中发现的涉嫌违纪或违法犯罪的行为，依法移送纪检监察部门或司法机关。
第五章 附 则
第二十五条 本办法由自然科学基金委负责解释。
第二十六条 本办法自公布之日起实施。