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2017年5月23日，国家自然科学基金委员会与中国科学院在京举行签约仪式，共同设立“国家自然科学基金委员会-中国科学院空间科学卫星科学研究联合基金”（简称空间科学卫星联合基金）。国家自然科学基金委员会杨卫主任和中国科学院白春礼院长出席签约仪式并致辞。国家自然科学基金委员会高瑞平副主任和中国科学院丁仲礼副院长代表双方签署联合基金协议书。
杨卫主任在致辞中表示，中国科学院是国家最高的学术机构和科技咨询机构，是承担科学基金项目的一支主力军，与基金委有着全面和深度的合作。双方共同设立的“天文联合基金”和“大科学装置科学研究联合基金”自实施以来，有效提高了中国科学院所属观测和实验设备的利用率，培养了一大批高水平的科研人才，推动了国内科研人员利用中科院承建的国家大科学装置研究平台开展学科前沿研究、多学科和综合交叉领域研究，在物理、天文、材料、生物和医学等领域取得了一系列重要进展，促进了重大成果的产出。
杨卫主任指出，此次双方再次设立联合基金，是贯彻落实创新驱动发展战略，响应习近平总书记在2016年科技三会上关于“必须推动空间科学、空间技术、空间应用全面发展”讲话精神的重要举措。他希望通过双方共同努力，吸引和汇聚全国相关领域优秀科研人才，利用中科院的四颗空间科学卫星开展前沿科学问题和关键技术问题研究，推动我国在相关领域取得更多更好的原创性科研成果，加快中国成为世界科学中心的步伐。
白春礼院长在致辞中表示，基金委是中国基础研究和科学前沿的主要资助渠道之一，中科院非常重视和基金委的合作，双方在学科发展、人才培养、推动科技发展等方面的合作硕果累累，尤其是已运行多年的“大科学装置科学研究联合基金”和“天文联合基金”，是双方合作的成功范例。两个联合基金面向全国，分别支持了100来个科研单位的研究工作，其中中科院外单位（主要是国内高校）占比高达70%，是科教融合的大平台。
白春礼院长指出，空间科学卫星联合基金是中科院和基金委加强合作的又一重要举措，拓展了双方合作的深度和广度，成为双方合作的新的里程碑。他希望联合基金能够科学地、高标准地选题，支持瞄准国际科技前沿的高水平研究，着力加强学科交叉与联合攻关，加强开放共享，吸引和培养人才队伍，促进重大原始创新成果的产出，为探索宇宙、认识自然等前沿交叉研究开辟新的天地，成为又一个有影响力的“品牌基金”。
此次设立的空间科学卫星联合基金旨在围绕国家创新驱动发展战略，发挥国家自然科学基金的导向和协调作用，引导全国高等院校、科研机构的研究力量，充分利用中国科学院研制的空间科学卫星平台，开拓新的研究方向，发挥空间科学卫星的效能，促进开放和交流，提升我国基础科学的自主创新能力，培养空间科学卫星科学研究人才，促进空间科学科研成果的产出。
空间科学卫星联合基金主要资助科技人员依托暗物质粒子探测卫星“悟空”、实践十号返回式科学实验卫星、量子科学实验卫星“墨子号”、硬X射线调制望远镜（HXMT）卫星等四颗空间科学卫星开展暗物质粒子探测、黑洞和中子星等致密天体观测、星地量子通信实验、微重力科学和空间生命科学实验等前沿和交叉科学研究。
作为国家自然科学基金的组成部分，空间科学卫星联合基金面向全国，公平竞争。联合基金的实施期限为2017年至2020年，共投入经费1.6亿元，由自然科学基金委负责受理申请，有关项目申请、评审和管理按照《国家自然科学基金联合基金项目管理办法》实施。