自然科学基金委是管理国家自然科学基金的副部级事业单位，由科学技术部管理。科学技术部负责管理国家自然科学基金委员会，依法对国家自然科学基金工作进行宏观管理、统筹协调和监督评估。国家自然科学基金委员会依法管理国家自然科学基金，相对独立运行，负责资助计划、项目设置和评审、立项、监督等组织实施工作。

　　主要职责为

　　● 根据国家发展科学技术的方针、政策和规划，按照与社会主义市场经济体制相适应的自然科学基金运作方式，运用国家财政投入的自然科学基金，资助自然科学基础研究和部分应用研究，发现和培养科技人才，发挥自然科学基金的导向和协调作用，促进科学技术进步和经济、社会发展。

　　● 负责国家自然科学基金管理。制定和发布基础研究和部分应用研究指南，受理课题申请，组织专家评审，择优资助，着力营造有利于创新的研究环境。

　　● 协同科学技术部拟定国家基础研究的方针、政策和发展规划。接受委托，对国家高科技、应用研究方面的重大问题提供咨询并承担相关任务。

　　● 支持国内其他自然科学基金的工作。

　　● 同外国的政府科技管理部门、科学基金会及有关学术组织建立联系并开展国际合作。

　　● 负责对直属事业单位进行管理、监督和业务指导。

　　● 承办国务院及有关部门委托或交办的其他事项。