组织间国际（地区）合作研究与交流项目
国际科学组织
欧洲核子研究中心（CERN）
根据与欧洲核子研究中心的合作协议，自然科学基金委与科技部、中国科学院共同资助中国科学家参与CERN大型强子对撞机（LHC）实验的国际合作研究项目。
国际理论物理中心（ICTP）
根据双方协议，自然科学基金委每年选送约50名数学、物理和地球科学领域的青年学者到ICTP参加暑期研讨班、进行短期合作研究等活动。
自然科学基金委每年于11月发布《组织间项目指南》，公开征集赴ICTP进行短期学术访问活动的候选人，经有关专家遴选后推荐给ICTP。被推荐人需按照ICTP相关活动的具体要求向ICTP提交申请。
国际应用系统分析学会（IIASA）
自然科学基金委鼓励中国科研人员与IIASA各项目组开展在能源、环境、土地利用、水科学、人口等研究领域的多边合作，联合申请来自各国政府机构、私人基金会、国家科学基金会、世界银行、欧盟框架计划等机构和组织的研究资金。
自然科学基金委每年全额资助5～7位青年学者参加6～8月在维也纳举办的为期3个月的IIASA“青年学者暑期项目”（YSSP），有关信息和申请表格可在IIASA的网站下载（网址：http://www.iiasa.ac.at）。同时资助中国科学家与IIASA科学家联合申请的研讨会、合作交流和国际合作研究项目。
根据IIASA 2011～2020十年战略规划，鼓励中国科学家与IIASA研究人员采用系统分析方法在粮食和水资源、能源和气候变化、贫困和平等这3个全球性问题领域开展科学研究。
2016年度申请事宜请关注自然科学基金委网站“通知通告”栏目中发布《组织间项目指南》。
国际农业研究磋商组织（CGIAR）
自然科学基金委与国际农业研究磋商组织（CGIAR）下属11个研究所（中心），即国际生物多样性中心（Bioversity）、国际热带农业中心（CIAT）、国际林业研究中心（CIFOR）、国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）、国际马铃薯中心（CIP）、国际干旱地区农业研究中心（ICARDA）、世界农用林业中心（ICRAF）、国际半干旱地区热带作物研究所（ICRISAT）、国际食品政策研究所（IFPRI）、国际家畜研究所（ILRI）及国际水稻研究所（IRRI）达成了合作共识，共同资助双方科学家开展合作研究。
自然科学基金委每年2月在网上发布《组织间项目指南》，申请截止日期为4月20日。2016年度拟资助项目数量在15项以内，平均资助资金为200万～300万元/项（包括直接费用和间接费用），资助期限为5年。
联合国环境规划署（UNEP）
自然科学基金委与联合国环境规划署（UNEP）签署了合作协议，将共同资助双方科学家在生态系统管理、气候变化和化学品管理等自然科学领域开展合作研究，并特别关注与非洲和亚太地区的发展中国家的合作。
经过专家研讨，确定了2013～2017年双方在以下17个领域方向开展合作。
生态系统领域：尼罗河上游山地丘陵区水土流失机理与坡地雨养农业示范研究；亚马逊流域生态系统评估（海拔梯度+雨林）；东非生态系统多样性空间格局的维持机制研究；东非自然保护区的生态系统服务功能（生物多样性热点区）；土地利用变化及其环境响应的评估（中国的卫星数据产品应用）；亚洲土地利用与生态环境要素百年变化。
气候变化领域：大湄公河流域的生态适应研究（水循环/水资源与气候变化）；气候变化对东北亚生态系统格局和过程的影响和响应（中–蒙–俄–朝–韩）；中亚半干旱地区的气候与环境变化；气候变化对非洲粮食安全与水资源脆弱性影响的区域分析；非洲尼日尔河流域的生态系统退化（沙漠化）机制及其情景分析。
化学品领域：全球POPs监测与成效评估关键技术与方法；化学品危害评价与优先排序的方法及工具；环境内分泌干扰物的繁殖（生殖）发育毒性机制与筛选方法；无意识产生POPs清单的调查方法学；典型化学品的生命周期评价与环境无害化管理技术；高风险化学品的替代品与替代工艺。
自然科学基金委每年2月在网上发布《组织间项目指南》，申请截止日期为4月20日。2016年度拟资助项目数量为3项，计划在生态系统、气候变化和化学品3个领域各资助1项，资助资金300万元/项（包括直接费用和间接费用），资助期限为5年。
国际纯粹与应用化学联合会（IUPAC）
根据自然科学基金委、巴西圣保罗研究基金会（FAPESP）、美国国家科学基金会（NSF）以及德国科学基金会（DFG）等科研资助机构与国际纯粹与应用化学联合会（IUPAC）达成的开展联合资助合作研究项目的协议，2013年开始共同资助各国科学家开展合作研究。国际纯粹与应用化学联合会提供保障项目实施的框架和科学指导，在缔约的各国资助机构和科研组织支持下组织多国参与的多边项目的启动、评审和资助。2016年度有关申请事宜请关注自然科学基金委网站“通知通告”栏目中发布的《组织间项目指南》。
贝尔蒙特论坛多边合作（BF/IGFA）
根据自然科学基金委与贝尔蒙特论坛达成的共识，从2014年起资助中国科学家参加贝尔蒙特论坛框架下的多边合作。2016年度有关申请事宜请关注自然科学基金委网站“通知通告”栏目中发布的《组织间项目指南》。
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