医学科学四处
医学科学四处主要资助医学病原生物与感染、检验医学/皮肤及其附属器官、运动系统、急重症医学/创伤/烧伤/冻伤/整形、特种医学（H21）、康复医学（H17）等领域的基础研究。
医学病原生物与感染（H19）：主要资助以医学微生物和寄生虫为主体的病原生物学特性及遗传变异规律、病原生物资源的收集与保藏、病原生物的感染与致病机理，感染后的宿主免疫反应，医院内感染流行趋势，病原生物的耐药性获得，以病原溯源及传染性疾病传播途径研究为目的的媒介生物的发现及生态习性，感染性疾病的临床诊断与治疗的基础研究。病原生物的遗传与变异、病原与宿主的相互作用等是病原生物学和感染病学研究的关键科学问题，同时也是国际同类研究的热点课题，本科学处鼓励就上述科学问题开展具有创新思想的基础研究，鼓励对病原生物类群丰度及临床病原生物的收集、保藏及相关生物医学的研究，对围绕目前研究较少或缺乏研究的病原生物开展的研究，将给予持续关注。
检验医学（H20）：主要资助针对不同检验层次、检验内容、检验方法的临床检验领域各类科学问题的研究；鼓励检验医学专家与临床医生、生物学家、化学家、物理学家等的密切合作，针对临床诊断和治疗上存在的难题，探索建立医学检验新理论、新方法、新技术。临床生物化学检验和临床分子生物学检验，主要资助对有关分子标志物的筛选研究；而致病相关酶的作用机理及基因的时空表达与调控等研究项目，不属于检验医学的资助范围，应选择相关系统疾病的申请代码。
皮肤及其附属器（H11）：主要资助皮肤及其附属器遗传性疾病、免疫性疾病、感染性疾病等各类非肿瘤性疾病的病因、发病机理、诊断、治疗的基础研究。免疫性皮肤病和感染性皮肤病的发生越来越严重，对人类健康的威胁也越来越大，有关科技工作者应予以充分重视，本科学处也将更加关注该领域的研究进展。
从近年的申请项目看，我国在上述三个领域研究水平提高很快。越来越多的科学家注意选择具有原始创新意义的课题，积极推进与国际同类研究接轨；注重结合我国实际研究状况和面临的重大健康及安全问题，选择国家急需而实际研究工作薄弱的领域开展研究。但存在的问题也比较突出：主要体现在医学背景的专家与生物学背景专家的交叉合作研究不足，导致一些关键领域的研究难以深入。譬如在病原生物研究领域，由于缺乏与生物学家的有效合作，对病原本身的基本生物学特性和遗传变异规律的基础研究不够深入和系统，致使对病原生物的特异性鉴定、病原学、疫苗研发、药物筛选等都面临很大困难。同时对病原生物类群研究的广度也不够，导致新发传染病来袭时束手无策的危险状况。针对以上问题，本科学处将对有关薄弱环节的项目申请给予适度倾斜支持。
运动系统（H06）：主要资助骨、关节、肌肉、韧带等组织的遗传性疾病、免疫相关疾病等各类非肿瘤性疾病的病因、发病机理、诊断、治疗以及炎症与感染、损伤与修复、移植与重建、疲劳与恢复、退行性病变、运动损伤、畸形与矫正等运动系统疾病的病理生理过程及诊断、治疗等方面的基础研究，同时关注骨、关节和软组织医用材料研制中的科学问题。
急重症医学/创伤/烧伤/冻伤/整形/特种医学/康复医学（H15，H21，H17）：主要关注急重症/创伤/烧伤/冻伤发生后，机体的一系列病理生理过程、影响因素和诊疗手段。整形着重于创面愈合与瘢痕、体表组织器官修复/再生/移植与再造和颅颌面畸形与矫正。特种医学主要资助在航空、航天、航海、潜水、高原、极地等特殊环境或极端环境中特殊病理生理现象的解析及所致疾病治疗的基础研究。康复医学主要资助运动系统、神经系统疾病所致运动障碍及其他器官系统的损伤康复机理与临床康复研究的基础科学问题。
极端环境所致疾病、急重症、创伤、烧伤等严重影响生活质量和生命安全，是高病死率、高致残率的重要病患。上述疾病发生发展的机理研究是本科学处资助的重点；同时，对于能够指导临床治疗、降低病死率和伤残率的诊疗新技术的研究，也将给予同等重视。由于这类病变通常涉及多个器官和系统，并引发全身性炎症及免疫反应，本科学处将鼓励围绕上述问题进行深入探讨和不同学科的交叉研究。从近年的申请可以看出，申请项目的学术水平不断提升，但许多未获资助的申请缺乏对临床科学问题的有效凝练，对国内外同类研究进展情况不够了解。
本科学处不受理有关皮肤及其附属器和运动系统领域的肿瘤项目申请，相关项目请在医学科学五处(H16)申请；此外，不受理与治疗相关的药物药理学项目申请，相关项目请在医学科学七处（H30，H31）申请。
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