医学科学一处
医学科学一处主要资助呼吸系统、循环系统、消化系统、血液系统疾病以及老年医学领域的基础研究。
呼吸系统（H01）：主要资助肺、气道、肺循环、纵隔、胸膜、胸廓、膈肌等疾病，以及肺移植、呼吸系统诊疗新技术等方向相关科学问题的基础研究。哮喘、慢性阻塞性肺病、肺动脉高压、肺纤维化、肺损伤、肺移植和保护等是当前该领域关注的重要科学问题。在过去几年中，睡眠呼吸障碍的研究日渐得到更多的重视。2010年哮喘相关的项目申请约占25%，肺损伤、慢性阻塞性肺病各占20%、13%，有关肺移植和肺栓塞的项目申请相对较少，分别只有20和23项；肺动脉高压相关的项目申请在呼吸和循环两个系统均有，请申请人根据所研究的具体科学问题选择申请代码。
循环系统（H02）：主要资助各种心脏疾病和血管疾病、以及微循环与休克等方向相关科学问题的基础研究。在历年的申请中，关于动脉粥样硬化及冠心病的研究申请量最大，其次是心律失常、高血压、心衰、心肌损伤、修复和重构等方面的申请。2010年度项目申请涉及循环系统的各类科学问题，其中MicroRNA与心血管疾病的发生、发展、以及干预措施的研究已成为该领域新的增长点。鼓励研究人员注重开展原创性的和可转化性的研究工作；鼓励临床医学和生物学、遗传学、基础医学的研究人员联合开展心血管疾病的发生机制和干预策略的研究。鼓励在干细胞、心血管再生医学等前沿领域开展国际合作，并在自己的研究基础上提出创新性的研究设想，获得具有独立知识产权的研究成果；鼓励研究各类内源性生物活性物质对心脏和血管的调控和损伤机制，以及与疾病发生发展的关系，寻找潜在的诊断标志物和干预靶点。
消化系统（H03）：主要资助消化系统各种非肿瘤性疾病相关科学问题的基础研究。由于疾病谱的变化以及我国肝炎的高发病率，各种肝脏病，尤其是脂肪肝、肝纤维化、肝硬化、以及肝损伤、修复、再生和移植等方面的研究成为该领域的重要热点问题；炎性肠病、胃肠免疫性疾病的项目申请和资助近年增长迅速；肠易激综合征、胃肠动力学方面的研究日渐得到重视。药物、毒物、酒精性消化系统疾病也是目前关注的重要科学问题。本科学处鼓励研究人员关注上述领域的重要前沿问题，关注疾病临床前阶段的病理生理学研究和以功能紊乱为主要表现的疾病发病机制的研究。2010年度肝脏病相关的项目申请增长较大，其中肝衰竭和肝损伤的项目申请约占14%；肝纤维化、肝硬化、门脉高压约占16%；肝脏代谢障碍及相关疾病约占7%。此外，消化系统器官移植约占11%；胰腺炎、炎症性肠病、胃肠动力及功能异常分别为约占7～8%。
血液系统（H08）：我国在该领域有较好的研究基础和研究队伍，并取得了一些原创性的研究成果，尤其是白血病的研究。2010年度血液系统的项目申请中白血病约占50%，出凝血调控、血小板和血栓形成相关的项目申请有所增加，约占15%。鼓励白血病领域的研究人员结合临床科学问题，利用组学、模式生物、单细胞水平分析等不同层面的技术和方法开展有国际竞争力的研究工作。关注分子诊断和靶向治疗的研究。造血干细胞和干细胞移植的研究、造血干细胞及白血病干细胞与造血微环境和机体病理生理状态之间的关系研究等是目前该领域的重要热点问题。
老年医学（H25）：主要资助衰老的病理生理研究以及与衰老机制相关的疾病发病机制和干预研究。利用系统生物学研究方式，为老年疾病的早期预警、诊断、治疗寻找靶点或标志物的基础研究是该领域的重要研究方向。鼓励研究人员开展衰老或老龄化过程中机体病理生理学的变化所致各类疾病的共性机制，如细胞衰老、干细胞衰老与相关疾病；衰老过程中炎症、细胞应激等与相关疾病；衰老过程中的信号转导、基因表达、蛋白质翻译的改变与相关疾病，等等。
本科学处不受理肿瘤相关项目申请，有关呼吸、消化和血液淋巴系统的肿瘤(白血病除外)项目请在医学科学五处（H16）申请；不受理病原微生物本身及其所致感染机制的研究申请，相关项目请选择医学科学四处（H19）相应的申请代码。此外，亦不受理与衰老机制无关的单一器官或系统老年疾病的项目申请，相关项目请选择各系统相应的申请代码。
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