物理科学二处主要资助基础物理、粒子物理、核物理、核技术与应用、加速器物理与探测器技术、等离子体物理、同步辐射方法与技术等领域的研究工作。

　　对基础物理领域的资助，重点是具有原创性的理论物理及其与其他学科交叉的研究项目；注重当前物理学研究的前沿，尤其对与实验紧密结合、通过科学实践所提出的重要前沿性及学科交叉领域的理论物理问题给予特别关注。

　　对粒子物理和核物理领域的资助，重点将放在国内正在运行和即将建成的大型实验装置相关的物理问题研究上，特别注重理论与实验的结合；另一方面，在未来的几年中有一批国际合作的大型实验装置将陆续建成并投入使用，为了配合对围绕大型科学设备的国际合作项目的支持，将有选择、有重点地资助与此相关的物理研究。对于这两个领域的研究工作，希望通过国家自然科学基金的引导作用，将国内的研究工作逐步凝聚到与最新物理实验结果相关、对重要物理规律认识的研究方向上，如：粒子物理中的唯象理论及其实验，极端条件下核物理与核天体物理以及与其他学科交叉等问题。

　　对核技术、加速器与探测器、低温等离子体以及同步辐射这几个领域的发展，希望通过学科前沿发展、国家需求和学科交叉的牵引，凝炼出既能深化对客观规律认识、解决本领域自身发展，又有重要应用前景的基础性研究课题，特别要注重关键技术、方法学的创新和新的学科交叉点。此外，探索瞬时、高能量、高功率的各类强场辐射（如离子、中子、电磁场等）与物质相互作用机理和规律，可能成为重要的研究热点。与此相配合，在加速器与探测器和等离子体领域中的纳米微束、高功率离子束、强流加速器、等离子体源以及各类先进辐射源的研究也将受到重视。

　　核聚变与等离子体物理领域的申请项目，希望更加注重与目前正在运行和即将建成的大型装置有关的科学问题和新型诊断手段的探索性研究工作，特别是与目前世界前沿接轨的“先进磁约束聚变”和“惯性约束聚变”等方面的基础物理研究，以及聚变研究中的关键物理问题和对各类等离子体的计算机模拟与实验的研究。

　　为了更有效地使用有限的资源，使各领域中的研究工作逐步进入可持续发展的良性循环，物理II学科领域鼓励全国的科研工作者利用国家大科学装置开展科学研究，鼓励有自主创新的高分辨率诊断、探测方法和对加速器、探测器等发展起关键作用的实验课题（包括必要的实验设备、探测器和诊断仪器的建立）等研究项目的申请，对此资助强度将根据需要适度提高；对在相同条件下有较多青年科学工作者参加的项目予以适当倾斜；对有国家需求背景、基础性强、有过较好进展的项目要给予关注，同时要注意交叉学科的培育和发展。