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2006年，纪检监察审计局坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实科学发展观，认真学习党的十六届六中全会、中央纪委六次全会和国务院廉政工作会议精神，围绕科学基金中心工作，认真贯彻落实科学基金新时期的工作方针和自然科学基金委“十一五”规划的各项部署。求真务实，开拓创新，认真履行纪检监察审计职责。在加强管理队伍廉政建设，加强科学基金工作中科学道德建设，维护科学基金公正性和自然科学基金委良好声誉，营造健康的科学基金文化，完善科学基金制等方面发挥了重要作用。
一、加强廉洁从政教育，提高干部队伍政治素养
结合科学基金管理的实践，以权力观教育为重点，深入开展学习“三个代表”重要思想、十六大报告和胡锦涛同志的重要讲话及十六届六中全会精神，加强思想道德教育、执政为民教育、依法行政教育和革命传统教育，提高全体党员干部的政治素养。
 按照党中央关于深入学习贯彻党章的要求，将学习贯彻《党章》与强化监督制约机制相结合，促进党风廉政制度建设，与保持党员先进性教育相结合，保证共产党员的先进性。组织开展“学习贯彻党章、推进反腐倡廉工作”征文活动，在各单位提交的20篇征文评审中，其中1篇被中央国家机关纪工委评为优秀论文。
组织开展社会主义荣辱观的宣传教育，邀请何祚庥、王乃彦院士作专题报告。报告结合树立科学发展观，倡导社会道德规范，弘扬科学精神等内容，由浅入深地宣讲“八荣八耻”，深受干部群众的欢迎，进一步提高了干部职工廉洁从政意识。会后，还将何祚庥院士推荐的“怎样当一名科学家”印发到各党支部。
认真落实“自然科学基金委贯彻落实《实施纲要》的具体实施意见”，将《实施纲要》的各项任务
细化分解到各部门，落实到具体工作中。
二、倡导科学精神，弘扬科学道德
2006年共收到反映科学不端行为的投诉举报151件。其中11件是对国家杰出青年科学基金候选人的异议。举报函件反映的问题涉及弄虚作假、抄袭剽窃、伪造数据、重复申请、专家评审不公、一稿多投和询问情况、提出建议等方面。对上述举报函件，按照有关规定和程序进行了调查核实和处理。为发挥典型案例的警示教育作用，根据《监督委员会章程》和《监督委员会对科学基金资助工作中不端行为处理办法》的有关规定，监督委员会办公室在自然科学基金委网站上发布了部分案例，隐去当事人名字和单位名称，将其事实与处理决定以《简报》的形式予以公布。在科技界、有关媒体引起了反响，对弘扬科学道德、惩治科学不端行为产生了积极的影响。在各类基金管理工作会议上，报告科学基金监督工作，剖析典型案例，增进了科学基金依托单位和科技工作者对监督工作的理解和支持。
三、推进制度建设，完善监督体系
在广泛征求意见、听取建议的基础上，监督委员会制定和发布了《关于加强科学道德建设的若干意见》，受到科技界的广泛关注。为完善科学基金管理，加强中止、撤销项目的后期管理，着手起草制定了《项目中止、撤销管理办法》，促进科学基金项目的依章有序管理。
按照评审工作总体安排，参加科学部评审会，了解评审会的评审和执行基金有关规定的情况；宣传科学基金管理规定，开展评审专家会前承诺和公正性调查工作。增强了委内外专家的诚信意识，强化了责任感和使命感。
四、开展项目经费抽查审计，促进科学基金经费管理
按照国家审计署部署要求和委领导的批准，纪检监察审计局履行职责，依据《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》等文件，2006
年先后组织对京、津、冀地区和西北地区科学基金项目经费开支范围、使用的合法性和真实性等情况进行抽查审计，审计金额近1.8亿元，审计涉及51个单位，230个项目。通过审计，宣传了项目经费管理办法，了解掌握了项目资助经费使用的合规性、实效性和依托单位内控制度的严谨性、规范性等情况，指出了被审计单位管理中有待改进和需要加强的方面，有针对性地提出了审计意见和审计建议。对投诉举报反映的问题提出了结论性意见，消除存疑。对部分中止、撤消项目开展审计，为自然科学基金委收回中止、撤消项目经费提供基础数据。
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