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从尊重和保护科学家的敏感和创造精神出发，不断完善资助与管理模式，大力营造有利于自由探索的宽松环境。把握科学前沿，紧密结合经济社会发展的战略需求，推动学科交叉，加强研究集成。围绕推动源头创新，加强前瞻性部署，把科学基金建设成为培育原始创新的沃土、支撑科技自主创新的平台。
1. 尊重首创精神，鼓励自由探索
营造鼓励创新、支持创新、保护创新的宽松环境，充分发挥科学家的想象力和创造力。继续强化支持自由申请项目，根据我国基础研究队伍发展状况，适度扩大规模，稳步提高强度。2010年项目资助规模控制在每年10000项左右，资助强度力争比"十五"有明显增加。
注重保护非共识项目，支持探索性较强、风险性较大的创新研究。"十一五"期间，将自由申请项目经费的3%-4%左右用于支持创新性较强的非共识项目研究。
2. 发挥导向作用，促进重点领域跨越发展
充分发挥重点项目、重大项目和重大研究计划的导向和带动作用，把握科学发展总体趋势和学科发展前沿，以关键科学问题带动不同学科和领域的实质性交叉，组织实施跨学科、跨领域协作研究，加强研究队伍、研究资源、研究成果的集成，力争在若干重点领域和重要方向实现突破。
重点项目主要针对我国已有较好基础和积累的重要研究领域或新学科生长点开展深入、系统的创新性研究工作。"十一五"期间，按照"扩大资助规模，提高资助强度"的原则，安排重点项目1800项左右，平均资助强度达到200万元以上。
重大项目要服务于国家战略需求目标，根据国家经济、社会、科技发展的需要，重点选择具有战略意义的重大科学问题，组织学科交叉研究和多学科综合研究。"十一五"期间，重大项目资助规模控制在30项左右，平均资助强度达到1000万元以上。
重大研究计划按照"有限目标、稳定支持、集成升华、跨越发展"的思路，加强顶层设计，凝炼科学目标，促进学科交叉，引导科学家在事关国家经济社会和科技长远发展的战略领域开展创新研究。"十一五"期间，安排实施15个重大研究计划，每个预算额度为1-2亿元。 |
