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9月20日,一篇“新研究挑战分子生物学中心法则”的报道表示,发表在《科学》杂志上的新研究表明,RNA在DNA修复过程中短暂现身,随后隐退。这一发现被认为是RNA在DNA“失能”时,主持生命密码的传递工作。
然而,在1957年,英国科学家弗朗西斯·克里克在学术会议讲座最先提出“中心法则”时,RNA还未入得人眼。中心法则是分子生物学中的教条、准则,高度概括出遗传信息的传递规律。
据文献记载,中心法则开篇时介绍道,“遗传物质的主要功能是控制(不一定直接)蛋白质的合成”,关注点聚焦于主要遗传物质DNA,以及最终产物蛋白质,只在“不一定直接”中表达了对RNA作用的猜测。因此随后几十年,人们先入为主地将RNA的作用理解为“跑龙套”。
在不久前,香山科学会议召开主题为“核糖核酸与生命调控及健康”的第632次学术讨论会,美国加州大学圣地亚哥分校教授付向东在会上表示,随着大量非编码RNA被发现,人们逐渐意识到RNA在生命活动中的作用被低估了,“蛋白质能干的事情,RNA基本都能干。”他连用几个“puzzle(谜)”总结RNA在生物学中的未知。
“暗黑教主”蕴藏多大暗能量?
浩瀚如海的非编码RNA仍有无数未知
2010年,《科学》杂志评选出本世纪前10年的十大科学成就。其中第一个就是“黑暗”基因组。《科学》给出的理由是,之前基因常常会得到所有的荣耀。但现在研究人员认识到,编码蛋白质的基因区域仅占整个基因组中的1.5%,而其余的基因组部分,包括长短不一的非编码核糖核酸(RNA)基因过去曾被当作“垃圾”,现在被证明它们与其他的基因同样重要。
数目巨大、种类繁多是非编码RNA的特点之一。人们至今还难以摸准它的脾气,例如,相关研究表明,相似序列的RNA,从密码结构上看可以认为是相同的,但翻译(信使RNA在细胞质里的核糖体上指导合成蛋白质的过程)的效率却大相径庭。
而无处不在则是它的另一个显著特点。这不仅体现在它大量存在于细胞内的各个细胞器中,还体现在它时刻在刷着“存在感”。它能量巨大,现已确认,非编码RNA参与了包括从干细胞维持、胚胎发育、细胞分化、凋亡、代谢、信号传导、感染以及免疫应答等几乎所有生理或病理过程的调控。
然而,从人类基因组计划提出到完成,耗时近20年,人们仅仅解密了占整个基因组1.5%的约两万个基因,虽然随着技术手段的不断进步,解密效率大幅提高,但浩瀚如海的非编码序列所扮演的“角色”,对于人类来说仍然有无数个谜团。
近年的研究表明,占人类基因组97%的非编码序列具有重要的生物学功能,且与人类的疾病相关。“但我们对这些非编码序列的了解只是‘冰山一角’。”中国科学院院士、中国科学院生物物理研究所核酸生物学重点实验室研究员陈润生表示,目前,人类对人类基因组绝大部分序列的功能还是未知状态。
近九成RNA留在核里做什么?
曾被忽略的细胞核依然是研究的“黑洞”
那么非编码RNA的真面目究竟如何呢?陈润生的团队从源头开始摸索:问题最终聚焦于中心法则指挥棒下,DNA转录为RNA后,“命运”最终走向了何方。为了对整体的遗传信息做一个梳理,他们用生物信息学方法追踪了所有RNA的去处。
研究结果表明,同样的RNA“人设”,实际存在4种“命运”。陈润生介绍,一种情况RNA是命运终点,不再发展;二是只有一小段翻译;三是按照经典的中心法则“按部就班”地翻译;四是过度翻译,就是可以对一段RNA循环翻译几个来回,形成一个蛋白质。
那么这些“命运”都出现在哪些“剧情”中呢?以RNA作为命运终结的那一支为例,陈润生团队以海拉细胞系为研究对象,发现由DNA转录为RNA后,89%的RNA并不走出细胞核。“这是出乎预料的,它们转录出来却并不走出细胞核,留在核里做什么呢?”陈润生表示,新的发现带来的是更大的未知。