本重大研究计划旨在通过对细胞编程与重编程的分子机制的研究，深入探讨细胞增殖、分化和发育过程中的表观遗传机制，解析干细胞定向分化和诱导性多能干细胞（iPS）形成的分子机制，为深入认识疾病发生发展的机理、探索组织修复和器官重建的分子机制及药物研发提供理论基础。
2013年是本重大研究计划实施的第6年，期间已有24个重点支持项目、67个培育项目、7个集成项目获得资助。本年度该重大研究计划将全面进入集成阶段，将进一步体现“集中目标和重点突破”，围绕经指导专家组讨论确定的“三个集成方向”进行资助，力争取得一批有代表性的研究成果。
2013年度资助的集成项目方向：
（一） DNA甲基化和去甲基化的分子机制及生物学意义。
（二） 细胞重编程的表观遗传机制。
（三） 细胞重编程过程中核染色质和非编码核酸的高级结构及动态变化。