2016年9月29日，“国家自然科学基金委员会——山东省人民政府联合基金”（第二期）合作协议签署仪式在济南举行。国家自然科学基金委员会（以下简称基金委）主任杨卫、山东省省长郭树清出席签字仪式，基金委副主任高瑞平、山东省副省长王书坚代表双方签署协议。基金委计划局、地球科学部、工程与材料科学部及信息科学部相关人员出席签约仪式。
本期联合基金针对山东省海洋经济、现代农业等战略产业的发展需要，围绕山东半岛自主创新示范区和黄河三角洲农业高新技术产业示范区的建设，重点选择海洋科学、生命科学、工程与材料科学、信息科学等领域中的基础科学问题开展研究。双方自2017年至2021年共安排项目资助经费5亿元。