随着国家自然科学基金申请和资助量的迅速增加，国家自然科学基金委员会（以下简称国家基金委）对一些地方上申请的面上或自由申请项目在细节管理上越来越吃力。国家基金委采取依靠依托单位和“网点组长单位”协助的办法来延伸管理。在今年4月1日正式实行的《国家自然科学基金条例》中，明确规定了项目依托单位在基金资助管理工作中应履行的组织申请、资格审核、保障实施、跟踪监督、配合国家基金管理机构进行管理等职责，但对网点组长单位的责任和权力并未作出说明。而在国家基金委（中心站点）和项目依托单位间，还存在一些管理衔接空间。当中心节点和地方节点的关系理顺后，方能纲举目张，更好地发挥科学基金的作用。
从过程管理上理顺关系
科学基金的管理立足于为科学研究服务。为了给科学家的自由探索创造宽松的环境，科学基金的项目管理尽可能地做到删繁就简。每年除了申报立项、部分项目的中期检查外，就是结题验收管理。
为了便于管理，国家自然科学基金采用以国家基金委为中心站点、各区域设节点单位的管理系统。该管理系统对国家自然科学基金的管理发挥了应有的作用，但随着经费投入的增加，基金类别的扩充，资助范围的延伸，资助数量的增加，这套管理系统日益显现出局限性。中心站点，工作任务日益繁重，难以顾及一般面上项目及自由申报项目的跟踪监控。地方节点，大多是项目依托单位，本身就有大量申报任务，而对区域内其他单位又无约束职能，难以将国家的指导思想很好地落实和贯彻。
理顺中心站点和地方节点的关系，确定好各层次的管理幅度，充分发挥好管理网络的功能。使中心站点更好地从宏观层面思考问题，建立适合基础研究特点的科学基金绩效评估体系，加强科学基金项目研究成果的集成和宣传，促进基础研究学术信息资源的共享和利用，构建多层次、安全、可靠的自然科学基金信息服务体系，提高基金的管理绩效。同时充分发挥地方节点单位的区域协调作用，形成信息互通、反应快捷的网络体系。
国家基金委作为管理国家自然科学基金的国务院直属事业单位，具有根据国民经济和社会发展规划、科学技术发展规划以及科学技术发展状况，有效运用国家自然科学基金，支持基础研究发现和培养科学技术人才，促进科学技术进步和经济社会协调发展的责任。在众多的职责权限中，没有包含对地方基金委的业务指导职能。
作为国家事业单位，站在国家层面，对自然科学基金全面展望和设计，进行宏观管理和控制，为了更好地行使职能，更好地实现目标任务，应当加强对地方基金的业务指导，特别是加强双方的信息交流。一方面使国家及时了解各地基金管理和基础研究方面的信息，另一方面国家基金委也能及时将国家自然科学基金的政策方针及有关项目人才方面的信息传达到地方。便于地方基金能在国家基础研究发展方向的框架下，围绕地方经济和社会发展的需求，开展应用基础研究。
拓展地方基金的管理作用
地方基金委作为国家自然科学基金在地方的延伸，具有根据国家及省级科技发展的方针、政策和规划，有效地运用科学基金，指导协调和资助基础研究与应用基础研究工作，发现和培养人才，促进科学技术进步，为地方科技、经济和社会发展提供技术、人才储备的功能。
地方基金与国家基金的根本宗旨和目标都是一致的，但因国家每年投入自然科学基金的经费较多，国家基金资助项目类型多，覆盖面广，依托单位层次不一，加之国家基金管理人员精力有限，只能将重点放在重大项目、重大计划等的管理上，而对占国家基金资助经费三分之二的一般项目的管理则难以面面俱到，只好交项目依托单位管理。
国家基金委成立之初，全国只有几个省市成立了地方基金委，为了便于组织对地方单位基金项目的申报和管理工作，国家基金委设立了区域性的“网点组长单位”，负责本地区基金项目的管理、服务工作。尽管国家基金委授权网点组长单位对某一区域进行管理，但实际上还是要依靠地方基金委来完成这一任务。因为网点组长单位在某种意义上只有服务功能，不具备行政职能。另外，网点组长单位与其他兄弟单位一样，也属于项目依托单位，有些方面还必须避嫌。再加之国家自然科学基金的网点组长单位没有专职的管理人员，一些项目管理也就难以顾及细节。
经过20多年的发展，各省市相继成立了地方基金委，并拥有管理经验丰富的专职管理人员。鉴于这两种情况，国家基金委完全可以充分发挥地方基金的作用，将网点组长单位这一区域性基金管理服务机构的职能交给地方基金委。由地方基金委对国家基金的一般项目进行跟踪管理，行使国家基金管理网络节点作用，这种分层管理便于国家基金委有更多的精力去抓重大项目、重点项目，实施重大计划，同时又充分调动地方基金参与国家基金管理的积极性和主动性，形成上下联动的良性局面，提高国家财政资金的使用效益。