2007年12月28日，“国际科技合作跨部门协调机制”启动大会在科技部召开。科技部副部长尚勇、中国工程院副院长杜祥琬、国家外国专家局副局长陆明，中科院、国防科工委、中国科协、国家自然科学基金委等部门从事国际科技合作的负责同志参加了启动大会。会议还特别邀请了外交部、财政部、卫生部、环保总局的有关领导参会。
启动大会由科技部国际合作司靳晓明司长主持，科技部尚勇副部长作了重要讲话。尚勇副部长首先对出席启动大会的各部门领导表示热烈欢迎。他指出，近年来，我国科学技术快速发展，国际科技合作工作把握新时期经济和科技发展的新趋势、新特点，紧密配合国家经济、科技和外交战略，不断开创新局面，取得了丰硕成果。国际科技合作已成为我国总体外交的重要组成部分。
尚勇副部长指出，国际科技合作协调机制启动后，可以先从容易的事做起，如信息共享工作，马上就可以做起来。“方案”提出，应定期出版“国际科技合作部际协调机制工作通报”，他希望各部门积极提供可以共享的信息资源，还要尽快建立起“国际科技合作专家咨询委员会”，以承担部际协调领导小组委托的国际科技合作战略咨询、研究和重大协调议题的评估。
各部门相关负责同志对“国际科技合作跨部门协调机制”的启动表示热烈欢迎。中国工程院副院长杜祥琬说，更好地整合国内资源，在竞争与合作并存的国际关系当中，有利于增进国家整体利益，我们非常拥护这一机制。
国际科技合作跨部门协调机制由“八科”（科技部、教育部、国防科工委、中科院、工程院、中国科协、国家自然基金委、国家外专局）联合发起，开放式运作，按照自愿参加的机制运行。这一机制是落实《“十一五”国际科技合作实施纲要（2006-2010年）》的一个重要举措。