在国家自然科学基金委员会（NSFC）和日本科学技术振兴机构（JST）联合主办的环境保护与重建中的生物修复功能与技术研讨会上，经双方协商，2008年的合作领域为“生物修复在环境保护与恢复中作用——关键过程与技术创新”，要求通过揭示不同环境领域的关键生物修复过程，阐明修复的科学原理，创新生物修复技术，为环境保护与恢复提供理论依据和技术途径。
该合作项目重点支持4个研究方向：
盐胁迫与荒漠化生态修复。重点研究耐盐植物的生理与分子机制；根际过程与植物适应性调节机理；荒漠化生境植物修复的限制因素与调控途径。
酸化土壤生物修复。重点阐明人类活动对酸性土壤酸化过程的影响；揭示植物耐酸与抗铝毒的机理；酸害、铝害环境的植物生态恢复机制。
重金属污染土壤生物净化。重点研究锌镉等重金属污染土壤植物修复的根际过程与调控途径；重金属超积累植物的生理与分子机制；污染农田土壤联合修复的新技术等。
水体污染生物净化。重点研究富营养化水体氮磷阻控及高效净化的植物和微生物过程；微生物群落与功能及其对水体净化的作用。