医学科学二处
医学科学二处的资助范围是生殖系统、泌尿系统、内分泌系统及代谢和营养支持、眼科学、耳鼻咽喉头颈科学和口腔颅颌面科学以及胎儿、新生儿和围生医学领域的基础研究。
生殖系统和围生医学/新生儿(HO4)：主要资助人类生殖系统功能异常、各种相关的非肿瘤性疾病的研究和胎儿发育异常、新生儿疾病以及辅助生殖、产前诊断、避孕与节育相关研究等。2010年度受理项目申请789项，基本覆盖了上述研究领域，主要集中在新生儿相关疾病（13%）、妊娠及妊娠相关性疾病（12%）；其次是胎儿发育与产前诊断（7%）及子宫内膜异位症（7%）。研究的主要科学问题是疾病的发病机制以及治疗的新靶点新技术，在胚胎表观遗传学研究、辅助生殖安全性研究方面已备受关注，申请项目占该领域申请总数的26%。申请数较少或无的领域有女性性功能障碍、乳腺发育异常与疾病、生殖器官移植、生殖系统遗传性疾病、先天性发育缺陷、男性生殖系统炎症。本科学处继续鼓励有良好前期积累、探讨与提高人口质量及影响妇女、胎儿、新生儿及生殖健康相关的创新性的基础研究。
泌尿系统（HO5）：主要资助有关肾、输尿管、膀胱、前列腺和尿道等组织器官功能异常及各种相关非肿瘤性疾病的研究。2010年度受理项目申请651项，基本覆盖了上述各个领域，主要集中在泌尿系统损伤与修复（14%），原发性和继发性肾脏疾病（12%和16%）。继发性肾脏疾病涉及糖尿病的项目申请较多达73项（11%）；此外，肾脏与其他器官的交互作用受到关注；研究多集中在肾脏纤维化机制，特别是肾脏固有细胞表型转化、炎症发生机制等方面，而涉及水电解质、酸碱平衡及血压调控、泌尿系统感染、肾脏发育异常、肾脏内分泌功能异常、肾脏物质转运异常，膀胱和前列腺疾病以及肾脏替代治疗相关并发症机制等领域项目申请较少。本科学处继续鼓励该领域连续性、创新性的基础研究和向临床转化的基础研究。
内分泌系统/代谢和营养支持(HO7)：主要资助内分泌器官结构及功能异常和相关非肿瘤性疾病的研究，包括内分泌系统各种疾病、其他非经典内分泌组织的内分泌功能及异常等；资助人体各种代谢异常及与临床营养失衡治疗相关的研究。2010年度受理项目申请825项，研究方向集中在与糖尿病研究相关的各个方面，如胰岛发育、胰岛细胞分化再生及功能调控异常与胰岛移植，糖尿病发生的遗传和环境因素，血糖调控异常与胰岛素抵抗，糖尿病，糖代谢异常，占58.7%；其次为能量代谢、肥胖方面，如能量代谢调节异常及肥胖，代谢综合征，脂代谢异常，脂肪细胞分化及功能异常，占18.6%；骨代谢方面如钙磷代谢异常、骨转换、骨代谢异常和骨质疏松，占10.1%。主要热点领域体现在糖尿病并发症、胰岛干细胞移植、胰岛细胞功能调控和胰岛素抵抗。而内分泌组织器官本身的疾病如松果体、下丘脑、垂体、肾上腺、甲状腺、甲状旁腺方面的申请较少，本科学处将予以关注和倾斜支持。鼓励在临床中发现新现象、新问题而进行探索并合理设计的项目申请，以利于原创性的发现。
眼科学(H12)、耳鼻咽喉头颈科学(H13)及口腔颅颌面科学(H14)：主要资助非肿瘤性疾病相关的研究。2010年度申请项目中眼底病仍然是眼科学研究最集中的领域，占31.4%；其次为青光眼视路疾病、角膜疾病和视光疾病。视神经保护等方面的申请过于集中，而从临床发现问题，如与发病相关的重要环境问题方面的申请较少。耳鼻咽喉头颈科学研究领域主要集中于听觉异常与平衡障碍，占33.6%，其次为嗅觉、鼻及前颅底疾病和耳及侧颅底疾病。听力相关研究是耳科学突出关注的问题，重点包括各种类型后天性耳聋的分子发病机制和信号通路研究、先天性耳聋的遗传学研究等，而与某些全身重大疾病密切相关的上气道机构和功能异常的研究较少。口腔颅颌面科学受理项目以牙缺损、缺失及牙颌畸形的修复与矫治最多（18%）,其次为牙周及口腔黏膜疾病（16%）、牙体牙髓及根尖周组织疾病和口腔颌面组织生物力学和生物材料（各12%）。有些研究热点相对集中,如种植体表面材料改性在内的生物材料相关研究（14.4%）。本科学处继续鼓励针对上述学科领域严重影响人类健康的重要疾病或常见、多发、疑难病及功能障碍的发生发展规律、发病机制、诊断及创新性的治疗手段和功能重建的基础研究，重视与全身健康相关的眼、耳、颅颌面组织器官疾病、结构异常和功能障碍的研究。
本科学处不受理在上述领域中的肿瘤相关项目申请，相关项目请在医学科学五处(H16)申请。
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