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生命科学二处
生命科学二处包括生态学学科和林学学科，长期实验数据的积累是这两个学科开展科学研究的基础。
生态学学科
生态学是研究生物与环境、生物与生物之间相互作用的一门学科，对于解决我国日益突出的生态环境问题发挥着重要作用。生态学学科资助范围包括分子与进化生态学，行为生态学，生理生态学，种群生态学，群落生态学，生态系统生态学，景观与区域生态学，全球变化生态学，微生物生态学，污染生态学，土壤生态学，保护生物学与恢复生态学，生态安全评价等。
近年来，我国生态学研究取得了重要进展，但生态学基础研究的整体水平还有待提高，需要突出原创性研究，加强宏观生态学研究。
2008年生态学科共受理面上、青年、地区类项目申请1
021项，比2007年增加了35.9%。申请代码的调整是项目申请数量增长的一个主要的原因。多数申请人能够按照新设置的13个分支学科和新颁布的申请代码，比较准确地填写相应的申请代码。申请人围绕微生物生态学，陆地生态系统与全球变化，污染生态学领域的选题有较大增长，有些研究领域的申请项目相对较少，如海洋生态系统与全球变化，昆虫种群生态学，动物种群生态学等。
生态学学科申请项目未获资助的主要原因是：选题偏大、内容过多、概念不清；创新性不强，重复性研究较多；实验设计不严谨、技术路线不明确、研究方法不具体；学科交叉性的项目及宏观和微观结合的研究项目中，所研究的生态学的科学问题不明确。
生态学学科重点支持创新性强、理论联系实际的多学科交叉以及新兴分支学科项目；优先支持紧密结合我国生态与环境问题的研究项目，尤其是有望取得突破的新理论、新方法的研究；鼓励野外观察、控制实验、模型以及与现代技术手段相结合。
2009年度生态学项目申请注意事项：①注意正确选择申报的分支学科和申请代码；②在项目选题上，把握相关领域的国内外最新研究进展，结合已有研究基础，选择关键科学问题，要明确生态学的科学问题，避免单纯的技术研究；③突出项目创新性，避免重复性研究；④避免研究内容过多或空泛的现象；⑤注重技术路线和研究方法的科学性和可行性。
林学学科
林学学科主要资助以森林和树木为对象，揭示其生物学现象的本质和规律、开展森林资源的培育、保护、经营管理和利用等的基础研究。
学科资助范围：森林资源培育、健康、利用和可持续经营理论和方法，树木生长发育规律和遗传育种理论与方法，园林及森林植被与水土保持和荒漠化防治的基础研究。
林学基础研究有两个明显特点，一是国家林业发展需求的特点，研究的选题和立项应当更加注重在林业实践中寻求重要和关键科学问题；二是研究对象为多年生木本植物，研究周期长，干扰因素多，因此，开展连续和深入的研究显得尤为重要。
近年来，本学科申报项目存在的主要问题：选题和立项上的盲目跟踪，缺少自身特点和价值；对相关研究领域最新进展的把握不够，研究重复；题目过大，科学问题凝练不够，学术思想缺乏原创性；研究内容空泛和堆砌，研究技术和手段缺乏针对性，存在着附会分子、信息和纳米手段等现象。
2009年项目申请应当注意以下问题：①根据研究对象和研究内容，填写最为详细的申请代码；②在了解相关领域的国内外最新研究基础上，结合已有的基础和条件，选择重要和关键科学问题进行立项，体现项目的科学价值和意义；③找准研究的切入点，凝练出具体的科学问题，提出研究假说，并确立独特的研究思路和方法，体现创新性；④根据需要，有针对性地设立研究内容，明确已有的工作积累和进一步研究的内容，切忌面面俱到，从头开始；⑤提供详细和具体的研究方案，以判明研究的可行性；⑥题目应当简练、具体和明确，切忌大而空；⑦研究基础要体现已有的相关工作积累和其他能够代表申请团队研究水平的成果，研究成果介绍应当全面和准确，特别注意尊重论文作者在发表论文时的排序状态和第一及通讯作者的标注，对工作条件要有针对性地给予阐述；⑧按撰写提纲逐项填写申请书，不能随意删减内容；⑨申请人身份在基本信息和简历介绍两项中应当一致。
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