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香港、澳门特别行政区和台湾地区
遵照"一国两制"和《中华人民共和国香港特别行政区基本法》的原则，自然科学基金委继续积极支持和资助内地与香港地区科学家在共同感兴趣的领域进行形式多样的合作与交流。内地与香港合作与交流应优势互补、相互促进、成果共享、共同提高。同时应突出重点、形式灵活，可以采取合作研究、共同举办国际和国内学术研讨会、互派访问学者等合作方式。
1998年11月23日，自然科学基金委与香港研究资助局共同设立联合科研基金。根据协议，双方在2008年度将分别投入750万元人民币和1500万元港币，用于资助联合科研基金项目。该基金资助由两地科研人员在自然科学基础研究领域联合申请的科研课题，重点资助领域包括：信息科学、生物科学、新材料、海洋与环境科学、中医中药研究和管理科学。具体申请事项请见《关于国家自然基金委员会与香港研究资助局联合科研资助基金2008年度项目申请的通知》。该通知将由自然科学基金委在2007年四季度正式通告。
自然科学基金委将继续支持内地与澳门特别行政区科学家之间有实质内容的各种合作交流活动，加强内地和澳门地区科学家之间的交流与合作。重点资助的领域包括环境保护城市发展、中医药现代化等。
自然科学基金委一贯致力于鼓励和推进海峡两岸的中国科学家开展学术交流与合作。2008年将继续支持祖国大陆和台湾地区科学家的合作研究或举办两岸学术会议，并争取在双方共同感兴趣的领域促成若干实质性合作研究项目。
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