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西欧地区
自然科学基金会（NSFC）与15个西欧、南欧和北欧国家的27个科学基金组织或研究理事会签订了科技合作协议或谅解备忘录，为双方科学家就共同感兴趣的科学问题开展合作研究提供经费保障，主要资助的项目类型包括科学家短期互访、双边学术研讨会、合作研究。
1.英国
自然科学基金委与英国皇家学会（RS）共同资助由中英科学家开展的合作研究项目（Joint
Project），每年批准资助的项目数不超过20个，每个项目实施期限为2年。国家自然科学基金会对每个项目提供每年最多5万元人民币，用于资助中方研究人员赴英国的国际旅费和英方研究人员在华的生活费；英国皇家学会对每个项目提供每年最多6000英镑的资助，用于中方研究人员在英国期间的生活费和英方研究人员访华的国际旅费。项目申请截止日期为10月1日。
自然科学基金委将继续与英国工程和自然科学研究理事会（EPSRC）、英国生物技术和生物科学研究理事会（BBSRC）、英国自然环境研究理事会（NERC）、英国医学研究理事会（MRC）合作，重点资助由中英两国科学家共同举办的小型双边研讨会。会议的中英双方主要组织者可分别向各自的资助机构提出申请。同时，鼓励中英两国科学家分别向自然科学基金会和相应的英国研究理事会申报实质性合作研究项目。
自然科学基金委与英国爱丁堡皇家学会 (RSE)
共同资助在双方共同感兴趣的领域开展的合作研究项目，每个项目实施期限为2年。国家自然科学基金会对每个项目提供每年最多5万元人民币，爱丁堡皇家学会对每个项目提供每年最多6000英镑的资助。自然科学基金会与爱丁堡皇家学会每年共同确定合作项目的领域，并在10月中旬同时发布项目征集通知。
2.德国
根据自然科学基金委与德国德意志研究联合会（DFG）签订的合作协议，双方共同资助两国科学家的短期学术访问（通常不超过三个月）、双边学术研讨会、合作研究项目。申请程序是：中德科学家向各自基金组织提出项目申请，由双方基金组织评审和协商后做出资助决定。同时，自然科学基金会和DFG在双方共同感兴趣的领域鼓励两国科学家开展实质性合作研究。此类项目将根据双方协商共同发布项目征集通知，由两国科学家分别向自然科学基金委和DFG提交申请，由自然科学基金委与DFG根据商定的评审方式和程序进行评审，并共同做出资助决定。
3.法国
在自然科学基金委与法国国家科学研究中心(CNRS)、法国原子能委员会(CEA)、法国农业科学研究院(INRA)
和法国海洋开发研究院(IFREMER)
签订的科学合作协议范围内，在基础研究和应用基础研究领域资助两国科学家的合作与交流项目，包括合作研究、双边学术研讨会等。
4.芬兰
根据自然科学基金委与芬兰科学院（AF）签订的合作协议，双方共同资助两国科学家的短期学术访问与人员交流（通常不超过三个月）、双边学术研讨会。同时，自然科学基金会与AF在双方共同感兴趣的领域鼓励两国科学家和科学家团队之间开展实质性合作研究。每年双方就研究领域和资助项目数进行协商，共同发布项目征集通知，由两国科学家分别向自然科学基金会和AF提交申请，由自然科学基金会与AF根据商定的评审方式和程序进行评审，并共同做出资助决定。
5.爱尔兰
根据自然科学基金委与爱尔兰科学基金会（SFI）签订的合作协议，双方共同资助两国科学家之间的双边学术研讨会。同时在共同感兴趣的领域资助两国科学家开展的合作研究。此类项目将根据双方就研究领域和资助项目数达成的协议，共同发布项目征集通知，由两国科学家分别向自然科学基金会和SFI提交申请。
6.其他
国家自然科学基金委员会与意大利国家研究理事会（CNR）、瑞士国家科学基金会（SNF）挪威研究理事会（RCN）、西班牙国家研究理事会（CSIC）、荷兰科学研究组织（NWO）、荷兰应用科学研究组织（TNO）、比利时国家科学基金会（FNRS/NFWO）、奥地利科学基金会（FWF）、希腊国家研究基金会（NHRF）、葡萄牙科技研究委员会（JNICT）等签署了关于科学合作的双边协议或谅解备忘录，共同资助双方研究人员的合作交流项目和双边学术研讨会。纳入以上双边协议和谅解备忘录的合作交流申请，2008年将继续不定期受理。
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