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国际科学组织
1. 欧洲核子研究中心（CERN）
根据与欧洲核子研究中心(CERN)的合作协议，自然科学基金委与科技部、中科院共同资助中国科学家参与CERN大型强子对撞机(LHC)实验的重大国际合作研究项目。
2. 国际理论物理中心(ICTP)
根据双方协议，自然科学基金委每年选送约50名数学、物理和地球科学领域的青年学者去ICTP参加暑期研讨班、进行短期合作研究或博士后研究等诸多研究活动，参加活动的候选人由天元基金领导小组、理论物理专款领导小组以及地球科学相关领域的自然科学基金评审组推荐产生。
3. 国际水稻研究所(IRRI)
根据2007自然科学基金委年与国际水稻所达成的协议，在2008至2010年3年内，双方将每年共同资助2项重大国际合作研究项目，每项资助100万元，项目实施周期3年。2008年的合作领域为：（1）水稻主要病害持久抗性基因的鉴定、分析和应用，（2）基于水稻集约化生产的水分和养分高效利用研究。每年1月网上公开征集项目，截止日期为3月31日。
4. 国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)
根据2006年自然科学基金委与国际玉米小麦改良中心所达成的协议，在2007至2009年3年内，双方将每年在小麦抗病、优质、高产和玉米抗病、抗旱、和高油研究领域共同资助2项重大国际合作研究项目，每项资助100万元,，
项目实施周期3年。每年1月网上公开征集项目，截止日期为3月31日。
5. 国际应用系统分析学会（IIASA）
经国务院批准，自然科学基金委于2002年1月正式代表中国加入IIASA，是IIASA的19个国家成员组织（NMO）之一。自然科学基金委鼓励中国科研人员与IIASA各项目组开展在能源、环境、土地利用、水科学、人口等研究领域的多边合作，联合申请来自各国政府机构、私人基金会、国家科学基金会、世界银行、欧盟框架计划等的研究经费。自然科学基金委每年全额或部分资助若干名青年学者参加5月至8月举办的为期3个月的IIASA"青年学者暑期项目"(YSSP)。自然科学基金委资助中国科学家与IIASA科学家联合申请的研讨会、合作交流和重大国际合作研究项目。有关信息和申请表格可在IIASA的网上下载。网址：http://www.iiasa.ac.at
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