重大研究计划是自然科学基金委为引导科学家在关系国家经济社会和科技长远发展的战略领域开展创新研究，根据有限目标、稳定支持、集成升华、跨越发展的原则，加强顶层设计，凝炼科学目标，促进学科交叉；营造多学科和启迪新思路的交流与合作的平台，突出战略性，以项目群的方式，围绕整体目标实施相对长期稳定的支持。2000年开始试点以来，已经启动了12个重大研究计划。2006年基金项目集中受理期间，有2个重大研究计划受理申请，其他重大研究计划的受理时间另行通知。