信息科学部支持信息的产生、获取、存储、传输和处理等研究。根据近几年学科发展趋势及社会发展需要，信息科学部把电子学理论与应用，电波传播与新型天线，先进信息处理，未来通信理论与系统，空间信息系统，理论计算机科学的关键问题，计算机软件，计算机体系结构与存储系统，计算机应用关键技术，计算机网络与分布式计算系统，仿生感知与先进传感器，复杂系统的建模、分析与控制，智能科学的基础理论与应用，先进机器人技术及应用，半导体集成化芯片系统（ＳoＣ）基础研究，量子信息技术，光信息处理中的关键科学问题，先进激光技术，生物医学光子学等作为优先支持的研究领域；特别是那些对满足社会需求、推动国家、社会及学科发展具有重要意义的基础研究将给以优先资助。本《指南》中各科学处所列的鼓励研究领域仅对2006年的申请具有参考和导向意义，以后每年还会有所调整。

　　鉴于信息科学领域中的科学技术问题具有越来越明显的跨学科的特点，信息科学部将优先资助信息与数理、材料、生命、化学等学科的交叉研究，鼓励申请者提出学科交叉的研究项目，鼓励具有不同知识背景的科学家进行合作研究。信息科学部鼓励我国科学家进行国际合作研究，继续实施国际合作方面的“同等优先”倾斜政策，即在同行评议结果相同的情况下对具有国际合作背景的项目给予优先资助，以鼓励和促进我国科学家与国外科学家共同解决国际前沿科学技术问题。

　　自然科学基金委与中国民用航空总局签署了联合资助面上项目协议。该联合研究基金面向全国，旨在吸引国内高等院校、科研机构的科研人员参与以民用航空科技发展为背景的基础研究。具体资助内容及填写申请书时应注意的事项，请在《指南》的联合资助项目部分查阅 “民航联合研究基金”。信息科学部与微软亚洲研究院签署了联合资助项目协议。联合资助的项目既有重点项目，也有面上项目；联合资助的研究领域包括网络技术、人机界面技术、及图像与图形技术等。有关联合资助研究领域的较详细材料可向信息科学一处、信息科学二处查询。专家还可就联合资助研究领域中的关键科学问题，向相应的科学处提交重点项目建议书。如果联合资助内容等有所变化，将会在自然科学基金委网上发布有关信息，请拟申报此类项目的专家注意查阅《项目指南》与网上信息。

　　在2005年项目评审中，信息科学部加大了对地区基金项目的资助力度，对于青年科学基金项目给予了继续关注。对于完成小额探索项目取得实质性进展、结题时被评为“优秀”的项目负责人，在评审其新申请的项目时给予了倾斜。对于结题被评为“特优”与“差”的项目，在项目完成人新申请的基金项目的评审中也相应地与“绩效挂钩”；评审组专家对完成情况不佳的项目进行了严格把关，同时建议对少数项目执行情况不好、管理不善的依托单位、不按时完成科学处布置的相关结题或汇报材料者，在评审其新申请项目时进行严格把关。在近年结题项目评估工作中发现，结题总结报告中所提供的论文仍然存在基金资助的标注不规范、甚至不标注等问题，希望项目承担者及所在单位科研管理部门对这些问题给予足够的重视。

　　信息科学部与数理科学部2006年将继续资助迫切需要从信息与数学两个领域的角度解决的信息与数学交叉类项目，其资助率和资助强度不低于两科学部中任何一个科学部的平均值。拟资助的交叉领域包括：现代计算机科学中的数学方法，信息安全、信息系统和先进控制理论中的数学方法。鼓励（但不限于）在以下领域申请交叉类项目：

1. 实数的整数化表示理论与算法
   设计用整数正确表示实数的理论与算法，并在计算机中实现该算法，给出该算法的复杂性分析。
2. 软件系统的形式化表示理论与方法
   用形式化理论与方法描述、表示实用的软件系统，不仅可用于实时应用的软件系统，而且可用于交互式的多离散事件的软件系统。
3. 安全软件系统的设计理论与方法
   结合典型软件系统（系统软件或应用软件）分析、设计、开发提高软件系统安全性能的理论、算法与体系结构，并从理论与实践两个方面证明该理论、算法与体系结构的优越性。
4. 新型软件体系结构的理论研究
   针对软件应用时代特征与需求，研究新型软件体系结构及理论与方法，并结合实用软件体系给出相应的科学特征。
5. 软件系统正确性证明理论研究
   给出研究开发软件系统的正确性理论与方法，怎样做才能保证开发出的软件正确性。
6. 应用需求工程的形式化表示理论与方法
   拟申请信息与数学交叉类项目的申请者，须在申请书项目基本信息表中的申请代码1选择主管科学部的相关代码，申请代码2选择另一科学部的相关代码，并在［附注说明］中填写“信息与数学领域交叉类项目”。申请项目由两个科学部共同组织评审。