生命科学二处包括生态学科和林学学科，长期实验数据的积累是这两个学科开展科学研究的基础。

生态学学科

　　全球性生态环境问题的加剧与可持续发展对科学理论的要求，直接推动了生态科学的迅速发展。生态学在继续探索生物与环境相互作用机理、生物进化与适应机制的同时，还积极为解决区域性、全球性环境问题发展新的理论与方法。

　　生态学科在基础研究方面的发展趋势是：（1）与其他学科领域的交叉研究十分活跃，与化学、地球科学、信息科学以及管理科学等的交叉成为生态学综合性的特征，而学科的交叉对发展生态学理论与方法体系具有重要意义。（2）生态学在研究上向多尺度和多过程方向发展，分子生物学技术、遥感和地理信息系统技术已越来越多地应用在生态学研究中。（3）以定位研究为基础的实验生态学的研究越来越受到重视。

　　从近年资助项目来看，生理生态学、种群生态学和动物行为生态学是生态学获得项目资助较多的分支学科；在以长期定位研究为基础的实验生态学、生态系统生态学、景观生态学、区域生态学及生态安全方面的研究，近年来申请和获得资助的项目有所增加，但仍是生态学发展较为薄弱领域，亦是需要加强的领域。

　　分析生态学科申请项目未获得资助的原因，主要的共性问题是：（1）选题过大，概念不清，生态学的科学问题不突出；（2）项目独立创新性不强，有对国外研究盲从的倾向；（3）研究方法和技术路线不够清晰、新技术使用不当，以及与生态学问题结合不紧密等。

　　生态学科鼓励创新性强、理论联系实际的多学科交叉项目，尤其是有望取得重大突破的新理论、新方法的研究及结合我国生态环境特点的基础研究项目；提倡野外观察、控制实验、模型以及与现代技术手段相结合。

林学学科

　　当今的林学基础研究更加注重群体、个体、细胞和分子水平间的相互联系，注重从系统和综合的角度去理解林业科学中的重要理论问题；分子生物学、材料科学、空间和信息科学与林业科学的交叉成为推动学科发展的重要动力；森林的社会、经济和服务功能已成为林学最重要的研究主题；多学科综合探讨林木生长发育规律、森林可持续经营理论、森林的多重服务功能、林木重要性状遗传规律与生物技术、森林资源管理及信息技术等，已成为林业科学的前沿和热点。

　　近年来，我国林学基础研究发展较快，表现为：一是研究队伍不断壮大，基金申请量快速增长，面上项目数2005年达599项，三年翻了一番；研究经费从2002年开始以年均27％的速度递增；二是发表学术论文的数量和质量有明显提高，在一些研究领域形成了自己的特色。然而，我国的林学基础研究也存在一些突出问题，多数研究属于跟踪性质，学术思想和研究方法创新不足，与国家林业重大科技需求结合不紧密，题目过大，内容空泛等。青年学者申请的优秀项目偏少，优秀人才匮乏。某些重要的传统学科，如森林生物分类等，申报项目较少，呈现出萎缩态势。

　　2006年林学学科在充分保护自由探索的基础上，鼓励科学家围绕林学重要科学问题和国家林业重大工程建设中的突出问题开展基础研究。大力支持林木（包括园林植物）生长发育的基础生物学研究，森林植被恢复、保护和可持续发展的基础研究，森林生产力形成与调控机制的研究，森林生物灾害预防与持续控制的基础研究，林木重要性状形成的遗传学机制、多世代遗传改良理论和育种方法创新，森林的多重服务功能，林产品开发和利用中的重要基础问题的研究等。对于森林生物资源及其分类的研究将给予倾斜支持。