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联合资助基金项目
国家自然科学基金委员会－广东省人民政府自然科学联合基金
2006年初，国家自然科学基金委员会与广东省共同签订《国家自然科学基金委员会－广东省人民政府关于共同设立自然科学“联合基金”的框架协议》。该联合基金的设立，旨在利用科学基金面向全国的优势，吸引和凝聚全国各地的高等院校和研究机构的优秀科学家，紧密围绕制约广东和珠江三角洲区域经济和社会发展的重大关键科学问题，开展基础性、前瞻性和战略性研究，促进广东科技发展，从而推进地区乃至全国自主创新能力的提升，带动人才队伍的建设。这一举措，是落实全国科技大会精神，积极推动国家创新体系建设的重要实践。
国家自然科学基金委员会－广东省人民政府自然科学联合基金（以下简称NSFC-广东联合基金）作为国家自然科学基金的组成部分，面向全国，由国家自然科学基金委员会负责受理申请，有关项目申请、评审和管理按照国家自然科学基金管理有关规定和《国家自然科学基金委员会-广东省人民自然科学联合基金实施细则》执行。
2006年9月，国家自然科学基金委员会向全国发布了2006年度项目指南，项目指南包含了农业、人口与健康、环境与资源、新材料及电子信息等领域中的关键科学问题。全国有关高校与科研机构的科研人员围绕项目指南，进行了项目申请。2006年该联合基金正式受理申请项目787项，其中重点项目749项，面上项目38项；分布在全国24个省市自治区的164个项目依托单位的8700余人参与了这次申请。经过严格的同行评议与专家评审，有41项项目获得资助，资助经费共计4700万元。其中重点项目39项，经费4620万元，面上项目2项，经费80万元。
国家、部门重点实验室评估
2006年，国家自然科学基金委员会接受科技部的委托，对生命科学共61个国家和部门重点实验室进行了评估。根据科技部颁布的《国家重点实验室评估规则》及评估指标体系以及自然科学基金委制定的《国家重点实验室评估实施细则》，生命科学参评实验室划分为9个小组，现场评估于2月27日～3月16日进行，共聘请了91位评估专家。评估专家对这些实验室在2001～2005年的研究水平与贡献、队伍建设与人才培养、开放交流与运行管理等方面进行了综合评估，在充分肯定成绩的同时，指出了实验室存在的不足，明确提出了进一步努力的方向。
生命科学领域的实验室复评会议于5月11～14日在南京举行。共聘请29位专家，对参加复评的实验室进行了评估。
通过现场评估和复评，形成了对参评实验室的评估意见和排序结果。科技部在7月份公布了2006年生命科学国家和部门重点实验室评估结果，优秀类实验室12个（其中1个免评优秀实验室），良好类实验室49个。
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