杨焕明于1988年获丹麦哥本哈根大学博士学位，随后在法国及美国从事博士后研究，1994年回国后即获国家杰出青年科学基金资助。主要从事人类遗传学、基因组学研究。在杨焕明博士等学者的积极倡导和主持下，我国于1999年加入国际“人类基因组计划”，成为继美、英、法、德、日六国后唯一参与的发展中国家。

　　随后，由国家南、北方基因组中心共同参与的“人类基因组计划”中国卷测序工作正式开始。2000年5月，中国顺利完成了1%人类基因组计划“工作框架图”的绘制。同年8月，中国卷的完成图部分也提前完成并递交至国际协调小组。作为国际人类基因组计划的参与单位之一，1%的成果已在《Nature》上发表。2002年杨焕明博士等因其在1%项目中的突出贡献获香港求是科技基金会求是集体奖。

　　2001年，中国科学院基因组信息中心暨华大基因研究中心以杨焕明博士为首的一批年轻科学家，仅仅用了几个月的时间，就独立完成中国水稻（籼稻）基因组的“工作框架图”和数据库的工作，率先在《Science》和《Genome Research》杂志上发表3篇相关论文和2个封面图片，并获得权威人士的好评，再一次向世界展示了中国基因组学研究在国际上的领先水平。1%人类基因组计划及水稻（籼稻）基因组的“工作框架图”的工作被中国科学院、中国工程院两院院士分别评为2001年度和2002年度十大科技新闻。鉴于其在水稻基因组工作中的杰出贡献，中国科学院基因组信息中心暨华大基因研究中心的杨焕明主任及于军副主任均被《Scientific American》评为2002年度Research Leaders of the Year。

　　2002年12月，继中国水稻（籼稻）基因组的“工作框架图”和数据库的工作之后,杨焕明博士又带领一批年轻科学家在此基础上绘制出世界第一张水稻（籼稻）全基因组的精细图。该图覆盖了97%的基因序列，其精确度达到了国际公认的精细图标准。它也是迄今为止唯一采用全基因组散弹法测序构建的大型植物基因组高精度基因图。