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项目资助经费 重大项目 2001年度批准资助重大项目1项即"1%人类基因组计划'完成图'的绘制"，资助经费500万元。项目主持人为中国科学院遗传研究所人类基因组中心杨焕明研究员，该项目的实施，为建立我国大规模测序的全套技术，以及以测序分析为基础的生物信息学平台提供基础。
重大研究计划 2001年批准试点启动4个重大研究计划。"中国西部环境和生态科学"旨在为西部地区的环境和生态建设与管理决策提供科学依据，其目标是回答3个基本科学问题：（1）西部的现代环境格局是如何形成的？（2）如何区分西部环境和生态演化中自然和人文因素的作用？（3）西部环境和生态今后的发展趋势。"光电信息功能材料"主要研究具有信息产生、传输、转换、检测、调制、处理和显示等功能的材料，为我国信息技术产业发展提供基础。"理论物理学及其交叉科学若干前沿问题"是拓宽、调整我国理论物理研究方向配置，注意从交叉和跨学科研究领域的一些相对薄弱的方面选择重要研究方向，以积极探索，逐步形成优势，使理论物理及其交叉科学在21世纪前期步入国际最先进行列。"网络与信息安全"主要研究对国发经济发展和国防建设具有重大意义的网络与信息安全重大科学问题和突破关键基础技术。 2001年度4个重大研究计划，共受理申请574项，经专家评审，共批准资助125项，经费7065万元。这些项目的实施体现学科交叉，不同层次项目的集成。项目的管理将采取由研究计划学术指导专家组指导、相关科学部共同管理的模式。 2001年重大研究计划项目情况一览表
数学天元基金 从2001年起数学天元基金的研究经费增加到每年500万元，用于支持数学人才培养、改善数学研究条件、发展战略研究、数学教育与传播、推动数学与其他学科的交叉等方面。 2002年8月世界数学家大会将在北京召开，这次大会的申办和筹备得到了党和政府的关心与支持，申办国际数学家大会取得成功，是我国数学界一件具有跨世纪意义的大事。为此，数学天元基金2001年出资200万元支持世界数学家大会卫星会议。此外，还出资150万元支持人才培养，30万元支持数学教育与传播，50万元支持学术交流，70万元支持图书出版与网络建设。
委主任基金、科学部主任基金 2001年度委主任基金共立项35项，经费773万元。 2001年度科学部主任基金共立项210项，经费1389万元，其中理论物理专款200万元，理论物理专款除资助李政道、杨振宁教授的课题外，重点资助有利于培养优秀青年人才的课题和提高理论物理研究水平的研讨班；应急研究项目经费180万元；科学部主任委托项目96项，经费493.4万元；批准追加经费69万元。
研究成果专著出版基金 2001年度国家自然科学基金研究成果专著出版基金共受理申请87项，申请金额628.3万元。此专项基金经过同行评议、科学部专家评审组评审和国家自然科学基金出版委员会审议，批准资助35项，资助率为40.2%。资助项目的学科分布为:数理科学1项；化学科学1项；生命科学 9项；地球科学7项；工程与材料科学6项；信息科学4项；管理科学7项。根据近几年的专著出版实际情况，2001年度适度调整了资助强度，以确保高水平学术专著的出版质量。
重点学术期刊专项基金 重点学术期刊专项基金设立于1999年（每2年评审一次），根据我国自然科学领域学科发展现状，参考国内外有关检索部门提供的数据，结合现有学术期刊的国内外影响，经过科学部专家评审组评审和委务会审议，在竞争择优的基础上重点支持国内高水平学术期刊。《数学学报》等24种期刊获得2000-2001年度专项资助。 2001年科学基金杂志部在京召开了"重点学术期刊专项基金交流座谈会"，对24种学术期刊的运行和进展进行中期检查。结果表明，所资助的各期刊在推动我国学科发展，促进学术交流，扶植和培养人才等方面产生积极作用。多数期刊在美国科学情报研究所出版的《期刊引用报告》（JCR）或中国科技信息中心出版的《中国期刊引用报告》（CJCR）的影响因子、被引频次等指标均有较大幅度提高。
国家重点实验室研究项目基金 2001年度优秀重点实验室研究项目基金资助6项，每项100万元，合计600万元。
科普项目基金 2001年度国自然科学基金科普项目共受理313项，申请金额6978.5万元。经各科学部初审，专家评审组的评审和委务会议审批，共批准资助21个项目，资助经费100万元。
科学仪器基础研究基金 2001年度科学仪器基础研究基金批准资助9项，经费748万元。 2001年度科学仪器基础研究资助项目统计 经费单位：万元
联合基金与联合资助项目 国家自然科学基金委员会-中国工程物理研究院联合基金 2001年5月，国家自然科学基金委员会与中国工程物理研究院签订了联合资助协议，双方共同出资建立"国家自然科学基金委员会-中国工程物理研究院联合基金" （简称"NSAF联合基金"）。目的是通过资助中国工程物理研究院以外的科技工作者参与和开展与国家安全相关的基础研究和应用研究，促进源头创新能力的提升，开拓新的研究方向，发现新现象、新规律，推动相关领域的发展，培养国防高科技人才。 2001年是"NSAF联合基金"正式运作的第一年。经过同行评议和联合基金评审组的审议，共资助40个项目，资助经费730万元。同时，经过遴选，确定了2002年度的项目申请指南，拟资助3个"鼓励研究方向"和45个"明确目标课题"。
钢铁联合研究基金 2001年是国家自然科学基金委员会与上海宝钢集团公司共同设立的"钢铁联合研究基金"受理申请的第一年。本年度共受理申请195项（包括冶金学科钢铁冶金类项目），内容涉及冶金物理化学，钢铁冶金新工艺、新方法，装备与控制，环保与安全等与钢铁行业相关的各个方面。经过评审，批准项目42项，总经费900万元。 国家自然科学基金委员会和上海宝钢集团公司已就"钢铁联合研究基金"达成长期合作意向，决定将"钢铁联合研究基金"经费由1200万元追加到2000万元，2001年11月16日在北京举行了长期合作意向签字暨首批"钢铁联合研究基金"资助项目颁证仪式。
国家自然科学基金委员会-香港研究资助局联合资助基金 国家自然科学基金委员会（NSFC）与香港研究资助局（RGC）联合资助基金已经起步3年。2001年初有108个联合课题组申请资助，经过双方的初评43个课题组进入第二轮评审，由联合评审会议评审出16个联合资助项目。
美国通用汽车（GM）中国科学研究基金 GM中国科学研究基金是国家自然科学基金委员会与美国通用汽车公司共同设立的联合基金。该项基金资助在交通与安全、环境与健康两大领域的基础性研究。2001年首次受理申请项目63项，涉及除信息科学部以外的6个科学部。经过同行评议、专家评审组评审和GM中国科学研究基金管理委员会审议，共批准资助10个项目，资助经费250万元。
FORD-NSFC中国研究与发展基金 FORD-NSFC中国研究与发展基金第3期项目由国家自然科学基金委员会与美国福特汽车公司联合资助，双方在3年期间共同出资约960万元人民币。 2001年5月发布了该基金项目指南，共受理申请78项。按照基金项目评审程序进行评审， 福特汽车公司也同时组织专家评审，最后共遴选出10个研究项目。其内容涉及汽车代用燃料、气动发动机、汽车新材料、智能系统、铸造工艺等多个研究领域。这些研究项目的实施将对我国汽车工业的发展起到积极的促进作用。
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