国家自然科学基金委员会监督委员会（以下简称监委会）围绕科学基金中心工作，全面监督，突出重点，严肃查处违反科学基金管理规定和科学道德的行为，注重源头治理和防范研究，积极建议，加大治本力度，健全科学基金运作的监督机制，增强监督实效，维护科学基金制的公正性，弘扬科学道德，促进科学基金制健康发展。
    认真受理投诉和举报。2000年，监委会共收到科技工作者来函68件，主要涉及专家评审不公、申请项目弄虚作假、剽窃和侵犯他人知识产权、滥用科学基金、受资助单位及委内管理问题等。在认真核实来函所反映问题的基础上，走访了部分反映意见较强烈的科技工作者，与他们沟通情况、交换意见。对重要投诉举报分别成立调查组，按照“事实清楚、证据确凿、定性准确、处理恰当、手续完备”的原则，进行了调查核实和处理。其中，对在国家杰出青年科学基金申请书中虚报《SCI》收录论文数、在科学基金重大项目研究中弄虚作假、剽窃他人科技成果作为科学基金项目结题成果上报等行为进行了严肃处理，在科技界引起强烈反响。
    有重点地开展审计监督。2000年，通报了1999年下半年科学基金项目审计结果，引起受资助单位的强烈反响，促使被审计单位进一步加强财务管理和提出整改意见。按照“全面审计、突出重点”的方针，委托会计师事务所对13个单位40项国家杰出青年科学基金的财务管理和经费使用情况进行了专项审计。存在的问题主要有：部分单位未执行单独建帐、专款专用等规定、超提项目组织实施费、项目经费预算与实际支出严重不符、各类项目经费混收混支、转移经费、违规提取经费结余等。审计报告就此提出完善预算审批制度、加强财务核算监督、规范票据报销等意见。组织专家对资助项目的绩效情况进行监督检查，就审计发现的问题开展专门研究，对科学基金项目管理和财务管理提出了意见和建议。
     开展科学基金监督国际交流。监委会与美国国家科学基金会监察长办公室开展了工作交流。中美双方代表就监督机构的组织体系、目标定位、运行机制、科研人员违规问题的监督方法和程序，以及科学基金内部监督等问题进行了深入研讨，双方初步确定将就有关工作开展经常性交流。
    调研、建议和宣传工作。 针对有关问题，分别提出了“允许具有高级专业技术职务的在职博士生申请科学基金”、 “严格评审会议纪律维护评审公正”和“试行国家杰出青年科学基金异议期制度”等建议。同时，开展了国家自然科学基金监督机制软课题研究。利用工作刊物和有关媒体发布监督工作信息，加强正面宣传，弘扬科学道德，营造良好的科学基金研究环境。