近年来，伴随经济和科技全球化的发展趋势，国际合作在基础研究中的作用愈来愈受到社会的高度重视，科学基金国际合作与交流呈现出新的发展势头。
    2000年，国家自然科学基金国际合作交流经费有较大的增长，共资助各类国际合作与交流项目1883项，经费5236.2万元。其中，合作研究509项，经费2138.9万元；出国、出境参加国际学术会议938项，经费920.2万元；在华召开国际学术会议与双边研讨会230项，经费903.3万元；来华接待153项，经费175.0万元；一般交流52项，经费98.8万元中德科学基金研究交流中心国际合作与交流1项，经费1000.0万元。
    有重大影响的国际交流活动明显增多。国家自然科学基金委员会领导率团出访近20次，接待重要来访团组40余个，为国际合作注入了新的活力，在拓宽合作渠道方面取得新的进展。与法国海洋开发研究院、英国工程与自然科学研究委员会、生物技术与生物科学研究委员会、国际水稻研究所、意大利高等数学研究院等签订了合作协议，与39个国家和地区的55个科学基金组织和研究机构建立了合作交流关系。同时，精心组织实施协议项目，共资助项目384个，经费1480万元，为今后实施重大国际合作项目奠定了良好的基础。
    双边研讨会活跃，形成了合作研究的良好环境。全年共组织与美国、德国等科学基金组织和欧洲核子中心、国际水稻研究所等国际组织的双边研讨会39个，涉及多个科学研究领域，尤其在竞争激烈的信息科学等领域有了新的突破。
    双边合作关系进一步加强。与美国科技界的合作是国家自然科学基金委员会国际合作的重点之一。2000年1月，陈佳洱主任率团赴夏威夷参加了中美第九次科技联委会及执行秘书会，就开展第二代互联网、生物数据库、生物复杂性等合作项目进行了磋商。国家自然科学基金委员会与美国基金会、国立卫生院等在自然科学研究、管理创新政策研讨、基金管理培训、审计、监察和科普等领域都开展了积极的合作交流。
    与欧洲的合作与交流十分活跃。陈佳洱主任率团出访，与英国、德国、法国、意大利等科学基金组织签订科技合作协议。意大利国家新技术、能源和环境委员会主席Carlo Rubbia教授、荷兰皇家科学院院长R S Reneman与秘书长C H Moen、希腊发展部长Nikolaos、芬兰科学院院长Reijo Vihko等科学研究机构的官员相继来华访问，广泛而深入的探讨了实质性合作途径。
    与德国德意志研究联合会合作建立的中德科学基金研究交流中心（以下简称中德科学中心）正式启用，标志着双方的合作进入了一个新的发展阶段。2000年10月19日在中德科学中心大楼举行了隆重的启用仪式。德国科技界和教育界近140余位外宾、国内有关单位150余位来宾应邀参加活动。期间举办了科学活动周，包括双边研讨会、合作展览、学术报告会等。诺贝尔奖获得者李政道教授和米歇尔教授应邀参加启用仪式并作学术报告。
    与国际科学组织等的合作取得积极进展。与科技部、中国科学院联合资助我国科学家参加欧洲核子中心的合作项目，在欧洲大型强子加速器上建造了CMS和ATLAS两个大型探测器。与国际水稻研究所和国际小麦玉米研究所签定科学合作协议。