2000年度批准资助重大项目“洪水特性与减灾方法研究”、“阿尔法磁谱仪（AMS-02）电磁能量器研制”2项，经费765万元。
    “九五”期间，国家自然科学基金委员会组织实施重大项目63项，项目所属课题总数为327个，批准资助金额3.4亿元（含追加经费）。平均资助强度约530万元/项。基础研究占课题总数的76.5%，应用基础占23.5%；研究人员超过5900人，其中高级研究人员占43.9%；研究单位涉及有关国家重点实验室55个、部门开放实验室27个；有多个项目得到产业部门与企业的联合资助，投入经费3165万元。