《2000年度国家自然科学基金项目指南》公布56个重点项目研究申请领域，受理申请211项，经同行专家评议、学科评审组评审，委务会批准54个重点项目获得资助，总金额6055万元，平均资助强度为112.1万元/项。其中6项获得其它部门和企业的联合资助，匹配经费300万元。2000年重点项目加强支持创新性强、带动性大、交叉度强的研究项目。
    “九五”期间，重点项目共受理申请2200余项，627个项目获得资助，总金额53643万元，平均资助强度85.6万元/项。“九五”期间，经中期检查对优秀项目予以追加经费，截止到2000年底已批准追加经费2362万元。