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自然科学基金委领导班子成员实行任期制。第六届领导班子成员由主任1名、副主任6名组成。另设秘书长、副秘书长，协助领导班子工作。
照片左起: 何鸣鸿、姚建年、孙家广、王杰、陈宜瑜、沈文庆、沈岩、经大平
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陈宜瑜 |
主 任、党组书记；研究员、中国科学院院士
专 业：鱼类学，动物分类学
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王 杰 |
副主任、党组成员、秘书长（兼）；教授
专 业：代数学、密码学
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沈文庆 |
副主任、党组成员；研究员、中国科学院院士
专 业：实验核物理 |
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孙家广 |
副主任、党组成员；教授、中国工程院院士
专 业：计算机软件与应用 |
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沈 岩 |
副主任、党组成员；研究员、中国科学院院士
专 业：分子生物学、遗传学 |
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姚建年 |
副主任；研究员、中国科学院院士
专 业：物理化学 |
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何鸣鸿 |
副主任、党组成员；研究员
专 业：冶金、化工 |
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经大平 |
副秘书长、办公室主任（兼）、党组办公室主任（兼） |
自然科学基金委设委员25名，委员由来自高等学校、研究机构、政府部门和企业等方面的科学家、工程技术专家和管理专家担任，实行任期制。
自然科学基金委设立全体委员会议（简称全委会）。全委会由全体委员组成，由主任或主任委托的副主任主持，全委会对自然科学基金委的工作进行审议、监督和咨询。
第六届国家自然科学基金委员会现有委员25名：
陈宜瑜、王杰、沈文庆、孙家广、沈岩、姚建年、何鸣鸿
（以下按姓氏笔划排序）
冯长根、卢锡城、旭日干、许 勤、吴世农、吴伟仁、武维华、赵沁平、赵 路、
高 松、郭 雷、秦大河、屠海令、曹雪涛、谢和平、程津培、詹文龙、薛其坤。
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