随着我国“2011计划”的深入推进，探索新形势下可持续发展的协同创新模式，提升知识转移效率与知识创新能力，已经成为建设创新型国家战略的重要组成部分。知识转移与知识创新是协同创新活动中的重中之重，也是构筑组织核心竞争力的关键。为此，本文通过对协同创新理论及其实践模式的深入考察，利用系统动力学方法，建立了协同创新组织的知识转移演化过程模型，并对其进行了仿真分析与验证。最后在此基础上，从4个不同的维度，提出了促进协同创新主体间知识转移效能的相关激励策略与建议。